ENCODE project项目简介

欢迎关注”生信修炼手册”!

ENCODE是Encyclopedia of DNA Elements的缩写，是由美国人类基因组研究中心NHGRI赞助的一项国际化的合作项目，通过整合DNA, RNA，蛋白质，表观修饰等多个层次的数据，旨在建立一个全面的人类基因组数据研究的数据库。

如下图所示，整合了不同组学的数据

随着不断发展，后来又陆续整合了modENCODE等多个项目的数据，对数据库进一步扩充，增加了小鼠，果蝇，线虫等数据。该项目的所有数据可以通过以下链接进行查询

https://www.encodeproject.org/

点击Data->Matrix按钮，可以看到如下所示的结果，在左侧的筛选框可以根据多种条件进行筛选

筛选完成后，点击右侧矩阵中的数字，可以查看筛选到的数据集。以转录因子CTCF的chip_seq数据为例，结果如下

对于每个数据集，提供了以下结果