circRNA数据分析专题

本文详细介绍了环状RNA(circRNA)的基础知识、数据库资源、预测方法和在疾病及调控机制中的角色。从circBase到CircExplorer2,探讨了各种工具在识别和注释环状RNA中的应用,并涉及了其与miRNA的相互作用和疾病关联数据库。此外,还涵盖了环状RNA在疾病中的作用,如在癌症中的相关性,并提供了相关文献解读。

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circRNA,即环状RNA, 是一类由反向剪切形成的共价闭合的环状RNA分子,在生物体内大量表达,具有高度的特异性,保守性和稳定性。

circRNA的主要功能是作为结合miRNA,从而发挥其调控作用。在早期研究中,将环状RNA归为非编码RNA的一种,然而近几年随着环状RNA中IRSE元件的发现,也识别到了很多具有编码能力的环状RNA。本文整理了环状RNA数据分析相关的资料。

数据库中已有的环状RNA

利用NGS数据预测环状RNA的方法

环状RNA相关的注释,蛋白编码潜能的预测工具

环状RNA与很多疾病密切相关

环状RNA与miRNA的结合

最后是环状RNA相关的文献解读

通过高通量测序,预测和识别circRNA是开展环状RNA研究的前提,环状RNA的参与的ceRNA调控机制,与疾病的相关性等是研究的热点内容。

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