perl函数substr应用举例

提供了参考序列，需要根据起始位置和终止位置提取参考序列上固定的碱基序列，碱基位置及参考序列如下表

参考基因组	起始位置	终止位置
NC_002645.1	293	12550
NC_006577.2	206	21753
NC_006213.1	210	21496
NC_005831.2	287	20475
NC_004718.3	265	21485
NC_019843.3	279	21514
NC_045512.2	266	21555

参考序列文件如下：

参考基因组	参考序列
NC_002645.1	ATCG…
NC_006577.2	ATCG…
NC_004718.3	ATCG…

…
提取脚本如下：

use strict;
use warnings;

my $in=shift;
open IN,"<$in" or die "pleaes give a file.\n";
print "参考基因组\t序列\n";
while(<IN>)
{
	chomp;
	my @a=split("\t",$_);
	open IN2,"<$a[0]";
	while(<IN2>)
	{
		chomp;
		my $length=$a[2]-$a[1]+1;
		my $seq=substr($_,$a[1],$length);
		print "$a[0]\t$seq\n";
	}	
	close IN2;
}
close IN;