生信技能--热图(包的安装及相关常用函数的学习)

本文详细介绍了使用R语言pheatmap包绘制热图的过程,从包的安装与加载开始,逐步讲解如何创建测试矩阵、画热图,并深入探讨内容相关的NA值处理、标准化选项和聚类方法。同时,还涵盖了热图展示的多个方面,如图例、字体、行列设置、标题、尺寸调整及区块数值的显示。最后提到了保存热图和一些额外注意事项。
摘要由CSDN通过智能技术生成

**

pheatmap函数的学习

**

0、pheatmap包的安装与加载

安装和加载要分别执行哦,安装完成以后再加载

# 安装包
install.packages("pheatmap")   


执行以上命令后出现以下即为安装完成

> install.packages("pheatmap")
trying URL 'https://cran.rstudio.com/bin/macosx/contrib/4.2/pheatmap_1.0.12.tgz'
Content type 'application/x-gzip' length 76776 bytes (74 KB)
==================================================
downloaded 74 KB


The downloaded binary packages are in
	/var/folders/8z/kq8mxx3x48l99h1hcfv30gyc0000gn/T//Rtmpc77HHD/downloaded_packages
# 加载包

library("pheatmap")   

加载包会瞬间完成哒~
# 验证是否成功安装
1、在R Studio中的packages(R Studio右下方的模块&
  • 1
    点赞
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
要使用R进行热图分析,需要先安装一些必要的R和软件依赖项,括`pheatmap`、`RColorBrewer`和`gplots`等。你可以在R中使用以下命令安装这些必备的R: ```r install.packages("pheatmap") install.packages("RColorBrewer") install.packages("gplots") ``` 安装完毕后,你可以使用以下步骤在微生信平台上进行热图分析: 1. 登录微生信平台,选择"数据分析"->"单样本分析"->"差异分析",上传你的表达矩阵和样本信息。 2. 在"差异分析"页面中,选择适当的差异分析方法,进行差异基因筛选。 3. 进入"富集分析"页面,进行富集分析。在"结果展示"中,你可以下载到差异基因的富集分析结果。 4. 找到你感兴趣的富集通路,下载其差异基因列表。 5. 在R中读取差异基因列表,绘制热图。 下面是一个示例代码,可以根据你的实际情况进行修改: ```r # 加载必要的R library(pheatmap) library(RColorBrewer) library(gplots) # 读取差异基因列表 diff_genes <- read.table("diff_genes.txt", header = TRUE) # 读取表达矩阵 expr_matrix <- read.table("expr_matrix.txt", header = TRUE, row.names = 1) # 根据差异基因列表筛选表达矩阵 expr_matrix <- expr_matrix[rownames(expr_matrix) %in% diff_genes$GeneID,] # 绘制热图 pheatmap(expr_matrix, cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE, scale = "row", show_rownames = FALSE, show_colnames = FALSE, annotation_col = sample_info$group, annotation_colors = brewer.pal(9, "Set1"), color = colorRampPalette(brewer.pal(9, "YlOrRd"))(100)) ``` 这个示例代码使用筛选出来的差异基因列表来选择表达矩阵的子集,并使用`pheatmap`函数绘制热图。你需要将`diff_genes.txt`和`expr_matrix.txt`替换为你的实际文件名,并根据需要调整其他参数。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值