哺乳动物细胞转录调控入门---真核生物染色质概述

核小体

真核生物细胞核直径一般为5~20um，但是，包裹在其中的DNA，如果展开来，拉成一条线，将是一个直径2nm，长度约2m的细长毛线。如果将这么长的DNA分子随意地揉成一团塞到细胞核中，那将是杂乱无章，没有规律可言的“毛线团”。但是，FISH实验[^1]表明，细胞核中，每一条染色体占据着不同的区域，被称为染色体疆域（chromosomal territories,CTs）。

CT内的染色体都是由基本的10nm纤维构成，这种纤维是由核小体组装而成。一个典型的核小体是由一个核心组蛋白八聚体以及146~147bp的DNA构成。该DNA已环形超螺旋的形式缠绕在组蛋白八聚体上，一共缠绕1.65圈。核小体中的组蛋白包括了组蛋白H2A、H2B、H3和H4。每一种组蛋白各两个分子，构成了核心组蛋白八聚体。有些连接组蛋白也会出现在核小体周围，常见的连接组蛋白有H1或H5。

组蛋白富含精氨酸这样的碱性氨基酸，可以与酸性的核酸分子相互作用。精氨酸与DNA小沟的特异性接触为DNA-组蛋白八聚体的相互作用提供了大部分能量。且，不同的DNA序列有不同的折叠进核小体的倾向。核小体中的DNA-蛋白质相互作用是动态的，一些染色质重塑蛋白质可以让核小体沿着DNA进行滑动。连接组蛋白似乎具有限制核小体移动性的功能。

组蛋白修饰

所有的四种组蛋白都包含富含赖氨酸的氨基末端尾巴，这些肽链从核小体的表面伸出，虽然不在稳定核小体DNA中发挥主要作用，但是却可以被修饰。一些酶可以在组蛋白尾巴的特定位点上，将一些特定的基团添加上去，从而改变组蛋白的电性、与其他蛋白质的结合能力，从而影响基因的表达。

组蛋白变体

每一种组蛋白都有各自独特的变体，称为组蛋白变体。组蛋白变体是指除了核心组蛋白(H2A、H2B、H3和H4)外的，与核心组蛋白具有序列同源性和主要结构的相似性，但具有独特的分布方式及功能的组蛋白。例如，H2A组蛋白还有H2AZ、H2AX、macroH2A、H2A.Bbd等变体，H3组蛋白还有H3.3、CenH3等变体。非乙酰化的H2AZ存在于基因组的抑制区，乙酰化的H2AZ存在于基因组的活性区（启动子）；H2AX存在于DNA损伤位点；macroH2A富集在雌性失活的X染色体（巴氏小体[^2]）中；H2A.Bbd位于然则提的转录活性区，且不在巴氏小体中存在；H3.3位于活跃转录的基因中；CenH3位于着丝粒异染色质区域。组蛋白变体的功能与其在染色体上的定位相关。染色质重塑蛋白可以帮助组蛋白变体在特定的区域替换原有的组蛋白分子。

[^1] FISH实验：通常情况下，在固定的细胞或者细胞核上进行的一种的原位核酸标记实验。荧光标记的核苷酸探针与DNA或者RNA杂交，便可以确定目标DNA或者RNA在细胞/细胞核中的位置。
[^2]巴氏小体：在哺乳动物体细胞核中，除一条X染色体外，其余的X染色体常浓缩成染色较深的染色质体，又称X小体，通常位于间期核膜边缘。