hx2024
本我为何
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GWASLab – GWAS实验室:https://gwaslab.org/
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12-阿里云单细胞处理-PBMC(by-jmzeng)
可以配置租用更大的服务器,上传数据。部分存在版本问题需要修改!原创 2024-07-10 01:11:35 · 72 阅读 · 0 评论 -
11-云服务器处理单细胞转录组数据
注意不能使用root登录,需要新建一个用户,也需要打开8787端口(服务器和本地的条件下不一致)。用不同的文件夹存放不同的包进行安装,即可使用不同的R包版本。查看R 的路径及相关R包:R→ .libPaths() →显示路径→ q() 进行退出。注意缺失的包及linux库每个人可能不一致,根据报错进行补充。安装shiny-server及Rstudio-server。服务器R语言安装包,部分包需要在环节中配置响应的项目。linux服务器安装。原创 2024-07-07 18:19:40 · 60 阅读 · 0 评论 -
④-2单细胞学习-cellchat单数据代码补充版(通讯网络)
为了便于解释复杂的细胞间通信网络,CellChat 通过从图论、模式识别和流形学习中抽象出来的方法对网络进行定量测量。关于cellchat的流程图在进行细胞交互分析的时候,不同分组的样本尽量不要一起进行分析,想要一起分析的时候需要保证不同分组间的细胞种类一致。同一分组的不同生物学重复可以一起分析。原创 2024-06-10 19:08:35 · 1080 阅读 · 2 评论 -
⑤单细胞学习-cellchat组间通讯差异分析
参考:原创 2024-06-10 22:35:47 · 414 阅读 · 0 评论 -
③单细胞学习-pbmc的Seurat 流程
Cluster IDMarkersCell Type0IL7R, CCR71CD14, LYZCD14+ Mono23MS4A1B4CD8ACD8+ T56GNLY, NKG7NK7DC8PPBPPlatelet#为聚类分配单元类型标识#进行图片保存saveRDS(pbmc, file = "pbmc3k_final.rds")#用于cellchat准备参考:单细胞测序分析: Seurat 使用教程 - 简书 (jianshu.com)原创 2024-05-31 20:59:21 · 1188 阅读 · 0 评论 -
④单细胞学习-cellchat细胞间通讯
CellChatDB考虑了配体-受体复合物的已知组成,包括具有多聚体配体和受体的复合物,以及几种辅因子类型:可溶性激动剂,拮抗剂,共刺激和共抑制膜结合受体。我们通过将 CellChat 应用于来自患者的病变(LS,患病)人类皮肤细胞的 scRNA-seq 数据来展示 CellChat 的多种功能。为了推断细胞状态特异性通讯,我们首先使用显著性水平为 0.05 的 Wilcoxon 秩和检验,在给定的 scRNA-seq 数据集中鉴定了所有细胞群中差异表达的信号转导基因。c) 细胞间通讯概率的计算。原创 2024-06-02 16:06:26 · 1154 阅读 · 3 评论 -
②单细胞学习-组间及样本细胞比例分析
比较各个样本间的各类细胞比例或者亚组之间的细胞比例差异。原创 2024-05-28 21:17:50 · 1354 阅读 · 0 评论 -
单细胞 10X 和seurat对象学习
单细胞seurat数据的基础知识。数据:GSE164241。原创 2024-05-27 22:11:09 · 350 阅读 · 3 评论 -
数据瀑布图升级(自备)
max.overlaps = getOption("ggrepel.max.overlaps", default = 20))#生成带边框的数据。注意:ggrepel::geom_label_repel()函数有个参数是max.overlaps,作用是把高度重叠的标签去掉, 默认10,原创 2024-06-17 23:17:19 · 378 阅读 · 0 评论 -
②-Ⅱ单细胞学习-组间及样本细胞比例分析(补充)
【代码】②-Ⅱ单细胞学习-组间及样本细胞比例分析(补充)原创 2024-06-20 21:03:48 · 324 阅读 · 1 评论 -
①单细胞学习-数据读取、降维和分群
单细胞数据RunPCA降维分析前的scale操作,通常指对数据进行标准化或归一化处理,旨在消除不同基因或细胞之间的量纲或数量级的差异。这样做可以使得不同基因或细胞在降维后对PCA的贡献更加均衡,避免了那些具有高表达量的基因或高测序深度的细胞对PCA结果产生过大影响的情况。细胞基因检出数,低质量细胞基因检出数通常较低,双细胞或者同时捕获多个细胞会有很高的基因数。作者还计算了细胞周期评分,因为我们收集到的细胞可能处于不同的分裂时期,所以看周期是很有必要的,尤其是针对具体的研究目的。数据集:GSE164241。原创 2024-05-28 19:51:08 · 1546 阅读 · 0 评论 -
④-1单细胞学习-cellchat单数据代码补充版
这里需要注意R绘图画板范围,可以将前面的绘图进行保存和devoff后再进行作图。3)每个细胞亚群的配受体通讯概率进行单独展示。这里提供的应该是counts data数据。原创 2024-06-09 21:34:03 · 622 阅读 · 2 评论