2020-12-22

TBSS统计随笔
置换检验
randomise -i 4D_input_data -o output_rootname -m mask_image -d *.mat -t *.con -n 5000 --T2

例：randomise -i AllSkeleton_ad.nii.gz -o ad_tingji -m mean_FA_skeleton_mask.nii.gz -d panda_result.mat -t panda_result.con -n 5000 --T2

查看结果
cluster --in= --thresh= [options]
例：cluster -i tbss_tfce_corrp_tstat1.nii.gz -t 0.95

tbss_fill命令
tbss_fill <t(F)>-map <mean_FA> <output_name>
例：tbss_fill tbss_tfce_corrp_tstat1.nii.gz 0.95 mean_FA tbss_fill

提值
Genu of corpus callosum 的编号是3
fslmaths JHU-ICBM-labels-1mm.nii.gz -thr 3 -uthr 3 -bin Genu_of_corpus_callosum_mask 把Genu of corpus callosum 抠出来
fslmaths corrp文件 -thr 0.95 -bin 输出的mask文件 将corrp文件有差异的脑区抠出来
fslstats -t AllSkeleton_ad.nii.gz -k tbss_ad_tfce_corrp_tstat1_mask.nii.gz -k Genu_of_corpus_callosum_mask.nii.gz -M 计算Genu of corpus callosum内部有差异的值