DTI数据处理: from scanner to statistics

安装准备

工具: FSL, MRIcron

准备工作:

MRIcron安装

MRIcron的下载地址:
http://www.mccauslandcenter.sc.edu/mricro/mricron/dcm2nii.html

FSL安装:

FSL是一个FMRI, MRI和DTI数据的的分析库. 支持OSX和linux系统, windows需要在虚拟机运行. 所有的命令可以在命令行调用,也可以通过GUI调用.

下载网址 : https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation
下载fslinstaller.py, 这个安装文件是基于python2.7版本编写的, 且运行时需要root用户权限.
sudo fslinstaller.py
建议不要使用默认安装路径, fsl非常大, 大约1.5G, 如果/根目录空间不大的话,请不要轻易尝试.
安装过程中可能由于网速等原因会导致下载超时,多按几次回车刷新.
安装完成后, 需要配置系统环境变量. 在~/.bashrc中添加:

FSLDIR=/usr/local/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

然后source命令更新一下系统的环境变量,搞定.

source ~/.bashrc

数据预处理:

核磁共振设备厂家主要有西门子,GE和飞利浦:
西门子/GE核磁共振数据格式是 DICOM 飞利浦的是: PAR/REC格式.
DICOM格式最为常见. 首先需要从DICOM格式转换成NIfTI格式.

1 查看数据文件

ls /your_raw_data_dir/$subject_nr/dicoms

2 从DICOM格式转化为NifTI格式(.nii)

原始DICOM格式(.dcm) , 首先可以用MRIcrom中的工具dcm2nii转换成NifTI(.nii）。安装后, 在终端中输入:
dcm2nii raw_data_dir output_dir

转换完成后, 将生成三个文件: 压缩后的原文件、o开头、co开头的文件。其中o开头的文件主要是进行了reorient的，而co是经过切割了neck的。一般用于空间normalize都选用co开头的文件。

FSL提供了NifTI格式处理工具查看数据结构和可视化工具，例如fslinfo可以用来查看转换后NifTI的基本信息:

dl@DL:~/Data/Brain/testing_data$ fslinfo 052212_s09_dti.nii
data_type      INT16
dim1           256
dim2           256
dim3           67
dim4           49
datatype       4
pixdim1        1.000000
pixdim2        1.000000
pixdim3        2.000000
pixdim4        8000.000000   ?
cal_max        0.0000
cal_min        0.0000
file_type      NIFTI-1+

其中dim1, dim2, dim3分别是核磁图像的3个维度, 256x256x67. Dim4是volumns的个数 49, pixdim1, pixdim2, pixdim3分别是体素voxel的维度 1x1x2mm。
fsleview 用于查看NifTI图像:
fslview 052212_s09_dti.nii

失真修正和弥散张量生成

对DTI数据做失真修正和数据处理的整体流程如下图：

失真修正

失真有很多种 主要是 eddy currents distortion, EPI/fieldmap distortion.
试验期间的测量原理\或者被试状态等等形成了多种可能的误差,比如头动, 比如核磁涡流等等.
1.0 registration 对齐
对齐修正对于structural MRI, functional MRI和diffusionMRI来说都非常重要.如果registration不准确,那么后面对结构核磁的统计分析或者group level的分析都是不准确的.
FSL的Bet命令可以进行简单registratio