SWC格式文件读取与处理

前情

上一篇用现成软件可视化了swc格式的神经元，但是没找到进一步分析的方法。

读取

因为最终还是打算用python进行分析，所以不断搜索如何用python读取swc格式文件，山穷水复疑无路时，尝试出可以用read_csv命令直接读取文件。真没想到这么简单！！！
2022年5月29更新，三块代码贴到一起可运行
Step1:导入pandas库，读取数据并查看

import pandas as pd
data = pd.read_csv("D:/101711-1_3-of-16_initial.CNG.swc",header = None)
#header=None 说明文件中第一行不是列名，读取的时候要直接作为数据。
# 这里输出data 会如【图一】所示

【图1】：可以看到只有一列，所以Step2将其拆分为7列并添加列名
Step2：根据SWC数据各列代表的神经元的含义，确定列名并使用split方法拆分。

columnNames = ['Sample number','Structure Identifier','x position','y position','z position','radius','parent sample']
for i in range(7):
    # 因为查看 data数据发现是有7列数据在一列中，所以要把它们拆分
    data[columnNames[i]] = data[0].apply(lambda x:x.split(' ')[i])
    # data[0]指的是列名为0的列，也就是唯一那个数据列

【图2】：查看Step2后的数据data，取出前10行显示如下，列标签为0的列是原始文件内容，后边七列是拆分后内容。

Step3:删除掉原始数据0列。

data.drop(labels = 0,axis = 1)#删除列标签为0的列，即原始列

删除列标签为0的列，再次查看数据得到下面形式数据。

后续

小菜鸡每一个小小的进展都好难，为避免忘记，事无巨细记录在此。若有同道中人，欢迎交流~