Imaris导入数据和初步使用

已于 2022-05-30 20:32:20 修改
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分类专栏： Fiji/Image/Imaris 文章标签： 其他
于 2022-05-30 20:30:28 首次发布
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版权

以下内容为Importing data into Imaris and the basics of image visualization._哔哩哔哩_bilibili
的学习笔记，仅记录方便查看。节约存储空间所以写在这里哈哈哈

视频功能目录

转化为Imaris格式

非ims格式数据在导入imaris前需要首先转换为ims格式
Add File选择要转换的文件，Start All开始转换。
注意：对于tif图像可以使用Imaris File Converter的Setting确定序列是z还是T排列
在这里插入图片描述

旋转 和 拖动

鼠标左键旋转，鼠标右键拖动

显示不同通道对比度

  1. Edit–>Show Display Adjustment

    或者 快捷键：Ctrl+D

    在这里插入图片描述

展示模式

Mode: MIP、Blend、Normal Shading

标尺设定是否显示

设置是否显示标尺
File—>Preferences—>Display中的 Scale Bar。如果不想显示，就去掉 Scale Bar的对勾
在这里插入图片描述

导入tif序列图像为3D

  1. 根据是时间序列设置“T”或者按照Z轴排序设置“Z”[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-JC1RQYrr-1653913123407)在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

  2. 上面Step1之后点击“OK”，然后点击下图 转换

在这里插入图片描述

  1. 注意：导入tif图像的时候有个很重要的点。

    要选中channel,然后修改Geometry中的Voxel Size.[即采集数据时，硬件设备提供的pixel size和z轴的步径]

在这里插入图片描述

Slice 模式下，可以进行一些测量

  1. 鼠标点一个点，再点一个，可以测两者之间的距离

提取channel [视频27：00分]

在这里插入图片描述

对于Imaris无法识别的格式，可以借助FIJI

比如nrrd格式可以转化为Imaris格式

在这里插入图片描述

Section模式下查看

在这里插入图片描述

裁剪

View—>Crop 3d

下采样

View---->Resample 3D 降低分辨率，可以减小大小

在这里插入图片描述

调整标尺的大小、位置

可以把光标放在那里，拖动调整

旋转 Rotate,可以实现换一个正对的面！

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

比如设置成Y，变成下图这样

在这里插入图片描述

此时，再点 reset，也是这样正对的位置啦~~~

Free Rotate 可以自由旋转角度

菜单栏ImageProcessing —> Free Rotate
在这里插入图片描述

这样对于拍摄不太好的图像，旋转一个角度，再使用Slice功能就可以在一个平面下啦

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