neuromorpho中SWC数据可视化

介绍了使用Cvapp软件进行SWC格式神经元数据的下载及可视化过程。通过具体步骤说明如何运行软件查看神经元结构,并提供了解决常见问题的方法。

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数据下载

课题设计神经纤维分析,了解到这个网站可以下载一些神经元数据。

数据使用

从上面网站下载到了swc格式的神经元重建数据,但对数据使用不了解,且能查到的资料较少。现在终于找到了SWC格式数据可视化方法,记录下来,以免小菜鸡转头就忘记了。

下载Cvapp,以及详细使用方式介绍

本人简要总结:

  • 从上边下载压缩文件到本地,然后解压
  • 在命令行中进入解压后文件位置,如下, 进入解压文件
  • 在命令行继续输入下图红线内容,就可以如图所示输出了在这里插入图片描述
    这条语句中 examples\dCH-cobalt.CNG.swc是我们刚才下载到的压缩包中自带的例子,这启发我,如果想查看其他神经元,只要使用run.bat XXX.swc即可。
  • 上述命令行之后会产生神经元窗口了。在这里插入图片描述
    如果不行,请仔细查看本文给出的第二个链接。这里给出的简要步骤适合我的电脑现在的情况,也许不普适。

后续

下一步如何使用和分析这些数据还要继续摸索,也许上述记录也存在问题,之后有进展再修正或更新吧。

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