R语言绘图
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生信小白要知道
肉体和灵魂 总要有一个在路上
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R高级绘图 | P8 | 最最最最最简单的ROC曲线绘制并计算AUC的方法
不知为何!这两天超多小伙伴们询问ROC曲线相关问题,有的小伙伴觉得ROC曲线很复杂,画起来很麻烦;有的小伙伴提到不同模型训练得到的预测结果进行ROC曲线绘制时各种格式报错;也有来自非生物医学领域的小伙伴们也用到了ROC曲线,所以前来学习!今天,咱们就给大家介绍一种最最最最最最最最最简单的ROC曲线绘制方法!不管你是什么模型跑出来的结果,咱都百搭!不仅简单,而且万能!原创 2024-04-08 20:30:12 · 1341 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 带标签的火火火火火火火山图 | 标记感兴趣基因 | 代码注释 + 结果解读
在火山图中,我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因,这个时候该怎么嘞!还有还有,在添加标签时,可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全,或者虽然显示全了但显得密集杂乱,不易阅读的情况。这可咋整捏!话不多说,直接开干!(本节内容同时适用于其他散点型图表)原创 2024-03-18 20:06:11 · 1766 阅读 · 1 评论 -
生存预后不显著?最佳阈值来帮你!| 附完整代码 + 注释
大家在进行生存预后分析时发现结果不显著,是不是当头一棒!两眼一黑!难不成这就代表我们的研究没意义吗?NONONO!别慌!说不定还有救!快来看看最佳阈值能不能捞你一把!原创 2024-03-13 22:29:22 · 1033 阅读 · 1 评论 -
你要的个性化生信分析服务今天正式开启啦!定制你的专属解决方案!全程1v1答疑!
专属于你的个性化定制分析服务来咯!!!原创 2024-03-08 16:17:14 · 590 阅读 · 0 评论 -
看完不会来揍我 | 生存分析详解 | 从基础概念到生存曲线绘制 | 代码注释 + 结果解读
大名鼎鼎的生存分析来咯!今天我就不叭叭叭了,咱们直接开始冲!(字有点多,希望大家不要嫌弃!)原创 2024-03-08 16:04:19 · 2735 阅读 · 0 评论 -
R高级绘图 | P2 | 带显著性标记的相关性气泡图 | 这也太高级了吧
新系列 —— R高级绘图,准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码!预计这个系列会囊括所有常见图形,只提供高级绘图代码,基础绘图主要在 R语言绘图 系列中进行介绍,这个系列咱们主打:需要XX图?没问题!来这里!找到你要画的图!点进去!直接复制粘贴RUN!更新顺序随机,小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我!我给它优先更新!原创 2024-02-05 20:22:43 · 971 阅读 · 0 评论 -
R高级绘图 | P1 | 带边缘分布散点图 | 代码注释 + 结果解读
新系列 —— R高级绘图,准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码!预计这个系列会囊括所有常见图形,只提供高级绘图代码,基础绘图主要在 R语言绘图系列中进行介绍,这个系列咱们主打:需要XX图?没问题!来这里!找到你要画的图!点进去!直接复制粘贴RUN!更新顺序随机,小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我!我给它优先更新!原创 2024-01-31 22:04:09 · 839 阅读 · 2 评论 -
差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代码 + 注释
前面我们介绍了[看完还不会来揍/找我 | TCGA 与 GTEx 数据库联合分析 | 附完整代码 + 注释](https://mp.weixin.qq.com/s/VUDl2PUtMVz4kO0CBPSTIg),很多粉丝朋友私信想要我分享一下如何利用得到的混合矩阵进行差异表达分析,那今天我们就一鼓作气!把最最最经典的三个差异分析工具 —— DESeq2, edgeR 和 limma 包,以及如何通过得到的差异基因绘制火山图、热图等等,给大家进行一个详细的介绍!原创 2024-01-28 19:50:12 · 2487 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 列线图/诺莫图(Nomogram)和校准曲线(Calibration)| 代码注释 + 结果解读
前面已经介绍了高级森林图的画法,今天我们就来介绍另一种用于可视化Logistic或Cox回归分析结果的方式 —— 列线图(Alignment Diagram),也称诺莫图(Nomogram)。原创 2024-01-25 16:01:24 · 4543 阅读 · 0 评论 -
R语言绘图 | 高级森林图(Forest Plot)| 多种方法详解 | 代码注释 + 结果解读
森林图(Forest Plot)用于可视化比较多个研究结果的效应大小和置信区间,通常用于汇总和比较不同研究的结果,特别是在荟萃分析(Meta-Analysis)中。当然,我们之前构建过的也可以用森林图展示结果。森林图提供了一种方式来呈现多个研究的数据,可以帮助我们更好地理解不同研究之间的一致性和差异性,以及整体效应的大小。我们先介绍一下森林图,大家如果不需要的话,也可以跳过这部分直接去看代码实现部分哟!原创 2023-12-22 23:46:05 · 7253 阅读 · 0 评论