NGS
ch3uly
这个作者很懒,什么都没留下…
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NGS测序二三事
NGS测序的二三事常见误区一些计算duplication reads常见误区在测序时,我们需要将DNA打断成fragment,构建library。这些fragment需要接上adaptor再扩增。illumina测序分为两种:single end 和 paired end。insertion 不是指R1 和 R2之间的unknown gap,而是adaptor间的序列。而unknown ga...翻译 2018-11-29 18:31:42 · 3512 阅读 · 0 评论 -
WGS数据分析处理流程
1.拿到数据后先检查数据是否完整。用md5sum命令。#生成md5文件ls KPGP*| while read KPGP; do echo $KPGP;md5sum ${KPGP} >> ${KPGP}.md5; done#检查完整性,全部显示OK即可md5sum -c *.md52.对数据进行质检。#质检nohup fastqc -o /data/XXXX/WGS/...原创 2019-04-30 10:21:47 · 4475 阅读 · 0 评论 -
miR数据分析处理流程
1.rename方便后续处理。2.trim_galore去接头。#这个软件使用之前要先安装fastqc和cutadaptls -d OV*|while read OV; do echo $OV;trim_galore -q 20 --phred33 --paired -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -a2 GATCGTCGGACTGTAGAACTCTGAAC \-e 0...原创 2019-06-27 10:58:30 · 1379 阅读 · 0 评论 -
转录组分析处理流程
1.fastqc2.STAR##build_indexSTAR --runThreadN 9 --runMode genomeGenerate \--genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2miRSeq/index \--genomeFastaFiles /data/XXXXXbio/task_LE-miR/03-2miRSeq/chrom.3...原创 2019-06-27 20:12:29 · 3437 阅读 · 1 评论 -
宏基因组分析流程
1.md5sum+trimmomaticmd5sum SRR1976948_1.fastq.gz SRR1976948_2.fastq.gzjava -jar /data/XXXXX/software/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar PE \-phred33 SRR1976948_1.fastq.gz SRR1976948_2....原创 2019-06-28 15:14:17 · 2805 阅读 · 0 评论