宏基因组分析流程

最新推荐文章于 2024-05-29 21:59:39 发布

ch3uly

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分类专栏： NGS

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43865392/article/details/93998097

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本文详细介绍了宏基因组分析的完整流程，包括使用md5sum和trimmomatic去除接头和低质量碱基，fastqc质量检查，spades组装，QUEST评估组装效果，Prokka进行基因注释，sourmash数据集比较，Salmon进行基因丰度估计，maxbin分箱，prodigal预测ORF，以及metaphlan进行物种丰度分析。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1.md5sum+trimmomatic

md5sum SRR1976948_1.fastq.gz SRR1976948_2.fastq.gz

java -jar /data/XXXXX/software/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar PE \
-phred33 SRR1976948_1.fastq.gz SRR1976948_2.fastq.gz \
/data/XXXXX/test/MGS/01trim/SRR1976948_1_paired.fq.gz \
/data/XXXXX/test/MGS/01trim/SRR1976948_1_unpaired.fq.gz \
/data/XXXXX/test/MGS/01trim/SRR1976948_2_paired.fq.gz \
/data/XXXXX/test/MGS/01trim/SRR1976948_2_unpaired.fq.gz \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

Remove adapters (ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10)
Remove leading low quality or N bases (below quality 3) (LEADING:3)
Remove trailing low quality or N bases (below quality 3) (TRAILING:3)
Scan the read with a 4-base wide sliding window, cutting when the average quality per base drops below 15 (SLIDINGWINDOW:4:15)
Drop reads below the 36 bases long (MINLEN: