转录组分析处理流程

1.fastqc

2.STAR

##build_index
STAR --runThreadN 9 --runMode genomeGenerate \
--genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2miRSeq/index \
--genomeFastaFiles /data/XXXXXbio/task_LE-miR/03-2miRSeq/chrom.37.fa \
--sjdbGTFfile /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2miRSeq/miRNA37note.gtf \
--sjdbOverhang 149

###STAR_ALIGN
ls -d LE*|while read LE; do echo $LE; STAR --runThreadN 5 --genomeDir /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03HumanSequence/index \
--readFilesCommand zcat \
--readFilesIn /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/01trim_out/${LE}/*_1.fq.gz \
/data/XXXXX/bio/task_LE-miR/01trim_out/${LE}/*_2.fq.gz \
--outFileNamePrefix /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/04align_out/${LE}_ \
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outBAMsortingThreadN 5 \
--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts>>${LE}.log; done

3.RSEM

###RSEM-prepare
rsem-prepare-reference --gtf /data/XXXXX/bio/task_LE-miR/03-2m