总结一下python调用matlab时的一些常见问题

为什么要用python调用matlab?

我自己的有些数据结构涉及到hash查找,在python中key是tuple形式,在matlab中支持hash查找的数据结构只有containers.Map(),并不能支持cell作为key。

尝试过把向量转为string,但是num2strstr2mat的效率不高,containers.Map()的查找耗时也非常的长,所以只好作罢。

后来发现可以用python通过matlab的API直接调用matlab的函数参与运算,朋友的经验说矩阵运算都交给matlab来计算就很快了。

但是摸索过程中发现一些问题,在网络上基本找不到,自己全靠摸索发现解决方式,写在这里,如果能给大家带来帮助,那就很好了。

配置python以调用matlab的API

python环境

这里以py2.7和Spyder的anaconda为例。

通过mlab库

这个包直接搜索到官网上下载即可。也可以尝试pip,我已经忘了当时怎么装上的了。
装好之后,使用示例如下:

from mlab.releases import latest_release as matlab
import os
path = os.getcwd()
mat.path(mat.path(),path)  # 添加当前脚本所在路径到matlab的环境中
......

所有的matlab(包括自定义函数)的可以通过matlab.xxxx()的方式调用。

mlab包的优点

matlab中的所有变量都是矩阵形式的,到python中会自动转为numpy的array形式,非常方便。

mlab包的缺点

这是最大的BUG那就是自定义函数在通过mlab在python中调用之后,就好像编译只读了一样,此后对.m文件的任何修改都不起作用,不管是重新启动python的kernel、重新启动spyder、重新import mlab、删除.m文件重建同名函数.m文件,都行不通。删除了.m文件,python报错,除非重新命名一个新函数后调用,那么这个新函数同样面临无法修改的问题。
除非重启电脑。

因此我选择了另一个方式,也是matlab官网介绍的方式。

通过matlab.engine

  1. 在matlab安装路径中,找到”R2016b\extern\engines\python”,每个人安装路径不一样,找到末尾一致路径即可
  2. 这里注意区分,通过anaconda prompt打开其命令行,依次执行:d: –>cd D:\Program Files\MATLAB\R2016b\extern\engines\python,即切换路径到matlab的python的setup.py下
  3. 官方还给出了较全的安装方案,跟着做就好:在非默认位置安装用于 Python 的 MATLAB 引擎 API
  4. 安装完成后,python中就可测试以下内容了:
#coding=utf-8
import matlab.engine
from numpy import *

if __name__ == '__main__':
    eng = matlab.engine.start_matlab()
    A = matlab.double([[1,2],[5,6]])
    print(type(A),A.size,A)
    print(eng.eig(A))
    eng.quit()
    pass
matlab.engine包的优点

这是matlab官方介绍的方法,不会出现mlab的那种问题,可以边写程序边调试没问题了。

matlab.engine包的缺点

使用的变量中有许多的matlab类,其中一些在spyder的Variable explorer中无法显示,必须人为打印。

另外就是必须注意python变量类型和matlab变量类型的对应关系,matlab给出了一张表:Pass Data to MATLAB from Python
我习惯上会把变量以list的方式 [1,2,3] 传入到matlab的函数中,这样matlab里面实际认为是cell,调试中遇到了很多次,实际上如果只传数值到函数中,需要在python中将变量设置为 matlab.double([1,2,3]) 传入才正常。

实用建议
  • matlab.double类型的变量,可以通过numpy.asarray方式转为array类型的变量,方便在python中处理。
  • matlab中的函数返回到python中的值默认为1个,需要在函数中增加一个参数nargout=n,如果n与返回的个数不一致,python会报错。

总结

  • 官方介绍的matlab.engine更好用。
  • matlab负责处理矩阵计算,python用以解决hash查找的数据结构。
  • 目前还在开发初期阶段,并不知道数据在python和matlab之间的通信效率高不高。
  • 第一次写总结,主要是为了给自己总结用,避免以后发生同样的错误。考虑到网络上相关问题的中文介绍非常少,能找到的都是抄过来抄过去的基础配置问题,我这里分享出来,以期能够帮助到其他朋友。
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