动态规划--最长公共子序列

实验题目2：寻找最大公共子序列 （10.25日实验） 要求：
（1）分别设计暴力法和动态规划算法，
（2）写出代码，并调试成功
（3）随机产生由A，C，G，T四种字符组成的两条序列，运行（1）两种算法，输出结果（长度和子序列），比较运行时长

import random
import time
def LCS(str1,str2,len1,len2,path):
    #产生len1*len2的矩阵，横为str2,纵为str1
    L=[[0 for i in range(len2+1)] for j in range(len1+1)]
    for i in range(1,len1+1):#从第一行第一列往后
        for j in range(1,len2+1):
            if str1[i-1]==str2[j-1]:#字符串是从0开始的
                L[i][j]=L[i-1][j-1]+1
                path[i][j]=0#由斜对角得到path为0
            else:
                L[i][j] = max(L[i-1][j],L[i][j-1])
                if L[i-1][j]>=L[i][j-1]:
                    path[i][j]=1#由上一个得到为1
                else:
                    path[i][j]=-1#由左边得到为-1
    return L[len1][len2]

'''记录路径，向上则path=1，向左则path=-1，从斜对角下来path=0'''
def stringpath(str1,path,i,j,sub):
    if i==0 or j==0:
        return
    else:
        if path[i][j]==0:
            stringpath(str1,path,i-1,j-1,sub)
            sub.append(str1[i-1])
        elif path[i][j]==-1:
            stringpath(str1,path, i , j - 1,sub)
        elif path[i][j]==1:
            stringpath(str1,path,i-1,j,sub)

'''暴力算法
生成str2所有子序列'''
def allsubstring(allsub,str2,len2,i,temp):
    if i==len2:#到达字符串末尾
        allsub.append(temp)
    else:
        allsubstring(allsub, str2, len2, i+1, temp+str2[i])#加入str2[i]
        allsubstring(allsub, str2, len2, i + 1, temp)#不加入str2[i]



'''把str2的所有子序列和str1比较是不是str1的子序列'''
def comparesub(str1,str3):
    i,j=0,0
    while i< len(str1) and j<len(str3):
        if str1[i]==str3[j]:
            i+=1
            j+=1
        else:
            i+=1
    if i==len(str1)and j!=len(str3):  #同时str3不到末尾
        return 0
    if j==len(str3):
        return 1

if __name__=='__main__':
    s=['A','G','C','T']
    sub=[]#储存子序列
    allsub=[]#储存str2所有子序列
    len1=random.randint(10,20)#随机长度
    len2=random.randint(10,20)
    str1=[random.choice(s) for i in range(len1)]#随机产生长度为len1的字符串
    str2=[random.choice(s) for i in range(len2)]
    time1=time.time()
    path = [[0 for i in range(len2 + 1)] for j in range(len1 + 1)]#记录路径
    sublength=LCS(str1,str2,len1,len2,path)
    stringpath(str1,path,len1,len2,sub)
    time2=time.time()
    print("str1为：",str1)
    print("str2为：",str2)
    print("LCS算法")
    print("字串长度为：",sublength)
    print("公共子串为：",sub)
    print("LCS所用时间为：",time2-time1)
    print("暴力算法")
    time1 = time.time()
    max,index=-1,-1
    allsubstring(allsub,str2,len2,0,"")
    for i in range(len(allsub)):  #将所有子序列与str1逐一比较
        flag=comparesub(str1,allsub[i])
        if flag==1:
            templen=len(allsub[i])
            if max<=templen:#找最大的长度子串
                max=templen
                index = i
    time2 = time.time()
    print("字串长度为：", max)
    print("公共子串为：", allsub[index])
    print("暴力所用时间为：",time2-time1)

运行结果：

str1为： [‘C’, ‘G’, ‘T’, ‘T’, ‘T’, ‘G’, ‘T’, ‘A’, ‘G’, ‘T’, ‘A’, ‘G’, ‘G’, ‘T’]
str2为： [‘G’, ‘G’, ‘C’, ‘G’, ‘C’, ‘C’, ‘T’, ‘T’, ‘T’, ‘G’, ‘T’, ‘G’, ‘C’, ‘G’, ‘A’, ‘C’, ‘T’, ‘G’, ‘G’]
LCS算法
字串长度为： 11
公共子串为： [‘C’, ‘G’, ‘T’, ‘T’, ‘T’, ‘G’, ‘T’, ‘A’, ‘T’, ‘G’, ‘G’]
LCS所用时间为： 0.0
暴力算法
字串长度为： 11
公共子串为： CGTTTGTATGG
暴力所用时间为： 10.024006843566895