2021-08-30

Ubuntu16.04下如何安装ANTs

作者：追风逐云，根据网上内容综合总结

ANTs（Advanced Normalization Tools）是医学图像中配准效果比较稳定的软件之一，下面总结一下如何在Ubuntu 16.04系统下面进行安装：

一、安装 git , cmak 和 c++ 编译器，命令如下：

1. sudo apt-get install git  安装git
2. sudo apt-get install build-essential 安装gcc和一些库函数，提供C/C++编译
3. 安装cmake版本命令如下：

安装前先输入apt-get install zlib1g zlib1g-dev 不然会缺乏zlib数据库报错.

1）网站 https://cmake.org下载合适的cmake安装文件

2）依次运行命令：（本人喜欢将cmake放到 /usr/local，下载的版本为cmake-3.12.2-Linux-x86_64）

1.下载cmake文件复制到 /usr/local 解压 tar zxvf cmake-3.12.2.tar.gz（现在较新的版本不再需要代码安装，直接解压后修改环境变量即安装）

2.修改环境变量  sudo gedit /etc/profile

在打开的文件中添加路径

PATH=/usr/local/cmake-3.12.2-Linux-x86_64/bin:$PATH

export PATH

3.打开终端刷新  source /etc/profile

4.最后，使用 cmake --version 和 cmake-gui 命令验证一下安装是否成功

注：sudo apt remove cmake  移除旧版本，可重新安装其他cmake版本

基于源码安装 ANTs

 在命令行里运行：git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git  从github上克隆相应的仓库，保存在当前目录下的ANTs文件夹下,可以将下载好的文件移动到自己喜好的文件夹中，本人喜欢放到 /usr/local 文件夹，解压文件tar。

1. mkdir antsbin  创建antsbin文件夹，建议在解压后的文件夹ANTs中建立
2. cd antsbin  进入antsbin文件夹
3. ccmake ../ANTs  进入cmake界面，然后依次按下'C'键，稍作等待，再按下'C'键和'G'键，分别完成设置和生成后回到命令行。
4. make -j 5 进行编译，此步骤时间较长，常常由于网络不佳可能会失败，可重复运行该命令，需要运行较长时间。
5. 编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：

1. 在 antsbin 目录下
2. mkdir bin  在antsbin下建立bin目录
3. cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin  将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
4. cp ./staging/bin/* ./bin  将staging/bin下的文件复制到bin目录中
5. cp ../ANTs/Scripts/* ./bin 将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件

1. cd ~  #回到home文件夹下或者在桌面重新打开终端

输入

sudo gedit ~/.bashrc

添加：

export ANTSPATH=/usr/local/ANTs/antsbin/bin/

export PATH="$ANTSPATH:$PATH"

1. 终端输入 source ~/.bashrc  刷新相应的环境配置

ANTs 的使用

然后直接在命令行使用 antsRegistrationSyN.sh ，如果给出该命令的使用方法，则配置成功，如果给出报错信息则配置失败。

示例：

antsRegistrationSyN.sh -d 3 -f fixed_img.nii.gz -m moving_img.nii.gz -o output

 结果解读：output0GenericAffine.mat ， output1Warp.nii.gz 分别表示线性变换和非线性变换估计出的映射关系，outputWarped.nii.gz 表示将 moving_img.jpg 配准到 fixed_img.jpg 后的图像，outputInverseWarped.nii.gz 表示将 fixed_img.jpg 配准到 moving_img.jpg 后的图像。