Troubleshooting
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XH生信ML笔记
无计算机背景的生信入坑者一枚,生物狗一只,读博时初涉linux,以后陆续入坑python,r,Machine Learning,Deep Learning。主页主要是备份代码,如果能帮助到其他朋友就更好。
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解除R中从github上下载包API限制的问题(Error: Failed to install ‘unknown package‘ from GitHub: HTTP error 403. )
githhub消除api_rate 限制,安装ggforestplot包原创 2021-12-19 13:05:13 · 51877 阅读 · 14 评论 -
Warning in install.packages : package ‘limma’ is not available for this version of R
1. limma 包安装在安装基因芯片包limma和biobase时,出现了“Warning in install.packages : package ‘limma’ is not available for this version of R”报错。原因是先得下载bioconductor的包管理器biocmanager,然后即可安装:> install.packages("limma")Warning in install.packages : package ‘limma’ is原创 2021-04-21 11:05:40 · 32230 阅读 · 3 评论 -
conda 安装宏基因组软件megahit出现CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url问题
使用conda 安装MEGAHIT 软件时,出现 Solving environment: failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64/repodata.json.bz2>:的错误:直接安装$ ./conda install -c bioconda megahitSolving environment: failedCondaHT原创 2021-03-25 14:47:18 · 477 阅读 · 0 评论 -
centos死机的处理
在使用centos时遇到程序死机,只有鼠标可以动,其他程序都点不动,terminal都打不开。不想开关机重启,可以采用tty界面杀死所有程序后成功启动。在gnome图形界面下,按ctrl+alt+F2,跳转到tty登陆界面,显示:xxxx login in :输入你的用户名,注意是user的名字,如我的主机名字是 dfs@peachgood 时,输入dfs,然后输入你的密码,回车。peachgood login in :dfs # 输入dfspasswd: # 输入密码,注意不能用右边的小原创 2021-02-22 15:24:53 · 3430 阅读 · 0 评论 -
R中fisher 检验FEXACT error 6. LDKEY=621 is too small for this problem问题
问题:> obs [,1] [,2] [,3][1,] 83 29 35[2,] 30 20 10[3,] 23 12 1[4,] 11 13 0> fisher.test(obs)Error in fisher.test(obs) : FEXACT error 6. LDKEY=621 is too small for this problem, (ii := key2[itp=394] = 488497,原创 2020-11-26 16:50:05 · 2782 阅读 · 0 评论 -
python 时间间隔 timedelta64[ns] 转化成整数格式
首先把时间格式的naT转换成0 days查询数据类型查询数据框data_onset中onset_days 列第13~16行 数据:>>> data_onset.onset_days[13:16]13 13 days14 NaT15 NaTName: onset_days, dtype: timedelta64[ns]Name: onset_days, dtype: timedelta64[ns]格式为timedelta64[ns]首先将缺失原创 2020-11-12 20:37:29 · 13263 阅读 · 3 评论 -
32 位的EndNote X9 在新版macOS Catalina中无法打开出现需要升级的问题解决
最近换上了mac,系统从win10换到catalina 10.15.7,各种配置软件和坑。今天使用某科大 EndNote X9,成功安装后,在启动台(Launchpad)没看到图标。在文件夹/Application 中也没发现EndNote x9的图标。在finder 中输入 “EndNote X9” 找到了 EndNote X9 图标,发现EndNote X9 在/Applications 文件夹下面 点击 EndNote X9, 出现以下要求升级的提示:搜索了一圈,参考解决EndN原创 2020-10-22 10:19:19 · 4104 阅读 · 17 评论 -
RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned问题的解决
本人系统为MacOS catalina 10.15.7新的MacBook pro 用brew install python 安装了python,自动为3.9.0版本。然后pip3 install notebook,安装了jupyter noteboook。随后pip3 install numpy,打开notebook,出现“RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned“ 错误。import numpy as np---------------------原创 2020-10-14 22:32:25 · 11556 阅读 · 5 评论 -
如何彻底删除mac os上自己安装的python
本人不小心安装了3.9,使用numpy出现了“RankWarning: Polyfit may be poorly conditioned”,需要彻底删除python 3.9 的各种包,链接和文件。1. 删除3.9 的框架@macbook ~ $ which python # 默认python版本,mac自带/usr/bin/python@macbook ~ $ which python3 #查询pyton3 位置/Library/Frameworks/Python.framework/Versi原创 2020-10-14 22:29:49 · 10338 阅读 · 8 评论 -
vim 出现“Error detected while processing /Users/zouxiaohui/.vimrc: line 1:。。。。”错误
系统:macos catalina 10.15.7配置.vimrc文件后,每次运行vim 都会出现$ vim .vimrcError detected while processing /Users/zouxiaohui/.vimrc:line 1:E488: Trailing characters: # 设定默认解码line 5:E488: Trailing characters: # 不要使用vi的键盘模式,而是vim自己的line 8:E488: Trailing原创 2020-10-12 14:07:37 · 4913 阅读 · 1 评论 -
MacBook pro OS catalina 安装oh-my-zsh,homebrew, Command_Line_Tools_for_Xcode
新入手一代macbook pro 16 寸,然后发现terminal 颜色太差,想调整一下颜色,准备下载oh-my-zsh,安装的时候发现巨多坑。我的os未升级,版本为 macOS Catalina Version 10.14.0首先你采用美化并增强Mac终端介绍的方法,在终端中运行:@macbook ~ $ git clone https://github.com/robbyrussell/oh-my-zsh.git ~/.oh-my-zshxcode-select: note: no devel原创 2020-10-12 13:59:40 · 1153 阅读 · 1 评论 -
seaborn relplot 时出现 AttributeError: ‘int‘ object has no attribute ‘view‘ 错误原因
seaborn 是python中一个封装的包,可以很方便的做出多种图,而不需要想matplotlib中设置各种参数。我的数据结构如下:>>> data_1st.head()其中sample_time 是分类变量,采样的天数。尝试用sns.relplot 做出点图,不同的sample_type 用不同形状的点,不同sample_time的样本用不同颜色>>> data_str=data_1st.copy()>>> sns.relplot(x=原创 2020-09-22 17:17:37 · 3974 阅读 · 0 评论 -
git commit 命令出现“fatal: unable to auto-detect email address (got '******@.(none)')错误
初学者使用git来控制代码版本时,使用git commit 命令是出现fatal: unable to auto-detect email address (got ‘…@…(none)’) 错误,这是由于未配置github用户名和邮箱所致:$ git commit -m "text commit"*** Please tell me who you are.Run git con...原创 2020-05-07 10:46:00 · 39490 阅读 · 1 评论 -
tensorflow2.0 ValueError: Empty training data.报错
使用tensorflow2.0 训练数据时,出现Empty training data报错:File "gru_layer2.py", line 74, in <module> network.fit(db_train, epochs=epochs, validation_data=db_val,steps_per_epoch=x_train.shape[0]//batchs...原创 2020-01-28 05:25:12 · 4612 阅读 · 12 评论 -
R 中 requires numeric/complex matrix/vector arguments 错误
在做矩阵的内积计算时(%*%),出现“requires numeric/complex matrix/vector arguments”错误:出现错误的代码:> a <- cbind(1,x)> b <- fit$coefficients> > dim(a)[1] 50 5> b (Intercept) Population ...原创 2020-01-27 07:47:54 · 10998 阅读 · 0 评论 -
R下载文件cannot open the connection,InternetOpenUrl failed 问题
Rstudio 下载一个文件出现InternetOpenUrl failed 问题> source("http://www.statmethods.net/RiA/wmc.txt")Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connectionIn addition: Warning m...原创 2020-01-21 11:50:38 · 3038 阅读 · 4 评论 -
BaseCollectiveExecutor::StartAbort Out of range: End of sequence [[{{node IteratorGetNext}}问题
使用tensorflow2时训练epoch出现Epoch 35/10054/55 [============================>.] - ETA: 0s - loss: 0.5587 - accuracy: 0.70622020-01-07 15:36:38.360506: W tensorflow/core/common_runtime/base_collective_e...原创 2020-01-08 06:19:53 · 5450 阅读 · 10 评论 -
FTP 命令行 传输文件425 Can't open data connection 问题解决
使用ftp命令行登录完成后出现230 User logged in, proceed.ftp> dir200 Command PORT okay.150 File status okay; about to open data connection.终止所有活动的数据连接...425 Can't open data connection.原因是 金山毒霸阻止了ftp。尽管我...原创 2020-01-06 03:11:12 · 3350 阅读 · 0 评论