Gromacs 2018.8在Centos 7系统安装教程-简洁版

前言

    Cenots 7系统使用的是yum 安装命令，在进行安装之前可以进行更换软件源，并使用sudo yum update -y进行软件更新。最好所有的安装软件都在同一个目录下。

    本案例以Gromacs 2018.8作为示例，在安装前请在各软件官网下载好对应的安装包。这里提供一个简便方法在（Linux7.6编译安装Gromacs2018版并行版 (qq.com)）可以获取安装包。接下来的安装教程参考：GROMACS的安装方法（含全程视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元

    这个教程中有更多细节信息，大家可以参考一下。接下来会继续发布应用的步骤，敬请关注。

 1. 安装cmake 3.x

    运行以下命令，添加EPEL源并安装cmake3。

sudo yum install -y epel-release
sudo yum install -y cmake3

    cmake3 /V命令，如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。我的是 cmake3 version 3.17.5。

2. 安装FFTW库

    运行以下命令，解压安装包并进入目录进行编译。请视情况更改目录位置代码。

tar xvzf fftw-3.3.10.tar.gz 
cd fftw-3.3.10/
./configure --prefix=/home/hsc/gromacs/fftw3 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
make -j install

3. 安装GROMACS

    运行以下命令，解压安装包并进入目录进行编译。请视情况更改目录位置代码。注意的这里需要修改用户目录下的.bashrc文件，在末尾加入source /安装包目录/gmx2018.8/bin/GMXRC，保存退出。

tar xvzf gromacs-2018.8.tar.gz
cd gromacs-2018.8/
mkdir build
cd build/
export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/hsc/gromacs/fftw3
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/hsc/gromacs/gmx2018.8
make install -j
vim ~/.bashrc 

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    注：关闭终端窗口，再次打开终端，输入gmx -version，看看是否输出了GROMACS的相关信息，是的话就说明安装成功了。之后可以使用rm -rf 命令将GROMACS相关的压缩包和解压出来的目录删掉。