前言
Cenots 7系统使用的是yum 安装命令,在进行安装之前可以进行更换软件源,并使用sudo yum update -y进行软件更新。最好所有的安装软件都在同一个目录下。
本案例以Gromacs 2018.8作为示例,在安装前请在各软件官网下载好对应的安装包。这里提供一个简便方法在(Linux7.6编译安装Gromacs2018版并行版 (qq.com))可以获取安装包。接下来的安装教程参考:GROMACS的安装方法(含全程视频演示) - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元
这个教程中有更多细节信息,大家可以参考一下。接下来会继续发布应用的步骤,敬请关注。
1. 安装cmake 3.x
运行以下命令,添加EPEL源并安装cmake3。
sudo yum install -y epel-release
sudo yum install -y cmake3
cmake3 /V命令,如果显示出了3.x的版本号就说明没问题了。我的是 cmake3 version 3.17.5。
2. 安装FFTW库
运行以下命令,解压安装包并进入目录进行编译。请视情况更改目录位置代码。
tar xvzf fftw-3.3.10.tar.gz
cd fftw-3.3.10/
./configure --prefix=/home/hsc/gromacs/fftw3 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
make -j install
3. 安装GROMACS
运行以下命令,解压安装包并进入目录进行编译。请视情况更改目录位置代码。注意的这里需要修改用户目录下的.bashrc文件,在末尾加入source /安装包目录/gmx2018.8/bin/GMXRC,保存退出。
tar xvzf gromacs-2018.8.tar.gz
cd gromacs-2018.8/
mkdir build
cd build/
export CMAKE_PREFIX_PATH=/home/hsc/gromacs/fftw3
cmake3 .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/hsc/gromacs/gmx2018.8
make install -j
vim ~/.bashrc
注:关闭终端窗口,再次打开终端,输入gmx -version,看看是否输出了GROMACS的相关信息,是的话就说明安装成功了。之后可以使用rm -rf 命令将GROMACS相关的压缩包和解压出来的目录删掉。