gromacs 安装_gromacs5.x 在linux安装

首先下载软件 :http://www.gromacs.org/Downloads

选择你要安装的版本并下载到电脑，我下载到了Downloads文件夹了。

要安装fftw和cmake

先安装了cmake，我直接用centos7.2 yum命令安装的，不需要累赘说明配置。

然后我再安装fftw：下载最新的fftw后解压到文件夹》进入文件夹》运行在终端切换到该文件夹执行以下命令：

./configure prefix=/home/brisk/fftw --enable-float --enable-shared

make

sudo make install

命令说明：prefix后面是设置安装位置，也可以保持默认，enalbe-floa是精度设置。

然后将下载的gromacs解压，进入文件夹，在这里打开终端，新建文件夹build，然后执行以下命令：

cmake ..  cmake .. -DGMX_SIMD=SSE4.1 (-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON)make

sudo make install

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

说明：我的是amd的cup，不设置-DGMX_SIMD=SSE4.1则执行gromacs命令会有Illegal instruction (core dumped)报错，无法

不过后来虽然成功了，到后面至今将内存消耗殆尽，最终还是失败了，将-DGMX-SIMD设为AVX_128_FMA重新编译！

继续，跟着官方的说法，所以需要配置。括号里面三下载FFTW和CMAKE有了就不需要了。

安装完成后配在一下环境变量即可，如果没有配置环境变量那么在执行gmx相关命令前需要执行source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

命令。建议配置全局变量。make check是检测的，可以不需要，也可以用。

下面是官方的教程：

And then read the install documents. like the next:

Quick and dirty installation Get the latest version of your C and C++ compilers.

Check that you have CMake version 2.8.8 or later.

Get and unpack the latest version of the GROMACS tarball.

Make a separate build directory and change to it.

Runcmakewith the path to the source as an argument

Runmake,make check, andmake install

Or, as a sequence of commands to execute:

tar xfz gromacs-5.0.7.tar.gz

cd gromacs-5.0.7

mkdir build

cd build

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON

make

make check

sudo make install

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

I was install the version of gromacs5.0.6 to my ZorinOS .

Input the install command, and the result like this:

.......

-- Installing: Creating symbolic link /usr/local/gromacs/bin/g_wheel

以下是测试安装后：

brisklan@brisklan-Lenovo:~/下载/gromacs-5.0.6/build$ source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

brisklan@brisklan-Lenovo:~/下载/gromacs-5.0.6/build$

OK,every step was finished!

I input 'pdb' for check:

brisklan@brisklan-Lenovo:~/下载/gromacs-5.0.6/build$ pdb

pdb pdb2.7 pdb2gmx pdb3 pdb3.5

brisklan@brisklan-Lenovo:~/下载/gromacs-5.0.6/build$ pdb

It shows that I was success!

starting mdrun 'LYSOZYME in water'

500000 steps,   1000.0 ps.

……