Linux下安装JET2

0. 说明：

JET2是一个基于Joint Evolutionary Trees的利用序列和结构信息预测蛋白质界面的软件，详情见: http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html，http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html 和 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580

本文是在使用SGPPI的时候需要用到JET2预测蛋白质界面，所以稍加记录。

JET2的运行依赖 Java6, ClustalW v2.1, Naccess v2.1.1 和 PSI-BLAST。

1. 安装依赖：

我在运行JET2的时候，用的Java版本不是Java6，由于不需要进行编译，所以问题不大，如果有重新编译的需求，建议装Java6。

1.1 ClustalW：

直接从 http://www.clustal.org/download/current/ 下载所需版本的ClustalW（我这里直接用的是clustalw-2.1-linux-x86_64-libcppstatic.tar.gz），解压即可运行，无需重新编译安装。

1.2 Naccess:

从 http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/ 下载 Naccess，但是需要给作者发邮件，然后获得解压密钥。解压完成之后，运行csh install.scr（如果没有csh命令，需要sudo apt install csh安装csh），如果安装 Naccess 报错，可以去看 README 文件，里面有给出解决办法（如下图所示）：

1.3 PSI-BLAST:

PSI-BLAST的安装可见：http://t.csdnimg.cn/ZR0Tk

2. 下载和安装JET2：

2.1 下载：

从官网上下载JET2（http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/，下载 JET2.zip 文件）。

2.2 安装：

将下载好的JET2.zip文件进行解压，之后在 ~/.bachrc中写入export JET2_PATH = path_of_JET2_HOME_directory（path_of_JET2_HOME_directory换成JET2所在的目录）。

2.3 测试：

根据 java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET 运行JET2，如果可以运行，则安装成功。

2.4 示例步骤：

1). 新建目录，并将蛋白质的PDB文件放到该目录中；
2). 编辑 default.conf 配置文件，主要是修改安装的依赖程序（ClustalW，Naccess，PSI-BLAST）所在目录以及对应的数据库所在目录。
3). 根据

java -cp $JET2_PATH:$JET2_PATH/jet/extLibs/vecmath.jar jet.JET -c <default.conf> -i <struct.pdb> -o `pwd` -p AVJC -r local -a 3 -d chain

运行JET2（其中<default.conf>替换成default.conf，<struct.pdb>替换成目标蛋白的PDB文件，pwd替换成结果输出的目录。）

3. 注意事项：

需要注意的是：PSI-BLAST默认使用的是nr数据库，如果换成别的数据库，需要对 jet/JetAnalysis.java 进行修改后重新编译。

4. 参考：

[1]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/JET2.html
[2]. http://www.lgm.upmc.fr/JET/JET.html
[3]. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004580
[4]. http://www.clustal.org/download/current/
[5]. http://www.bioinf.manchester.ac.uk/naccess/
[6]. http://www.lcqb.upmc.fr/JET2/package/