metascape与clusterProfiler包的富集通路的结果比较，以及组间差异通路比较

目录

前言

一、加载所需R包与文件

二、对比步骤

1.对比自定义基因集富集结果

2.对比GO富集结果

3.对比KEGG富集结果

4.对比PR和SD_PD两组的差异通路

 4.对比PR和SD_PD两组的差异通路

 5.比较结果

总结

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前言

metascape是一个非常方便的在线富集通路的网站，并且能一键生成富集通路的图，同时给出蛋白互作网络。clusterProfiler包是Y叔开发的富集分析R包，同时包含了很强的可视化能力，是一个经典的富集通路的方法。但是这两个方法结果的差异是未知的，所以我们本次将比较下这两种方法在大体相同的参数条件下的结果差异。

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一、加载所需R包与文件

结果之前已获得

metascape富集分析的参数设置：overlap = 1，pvaluecutoff = 1

clusterProfiler的参数设置：pvaluecutoff = 1，qvaluecutoff = 1

library(stringr) #R包
PR_CP <- read.csv('PR_CP.csv',header = T) #读取数据
> head(PR_CP)
                          ID                Description GeneRatio  BgRatio       pvalue
1           PID_SHP2_PATHWAY           PID_SHP2_PATHWAY      9/52  57/3359 1.274283e-07
2          PID_TCPTP_PATHWAY          PID_TCPTP_PATHWAY      7/52  42/3359 2.507678e-06
3     PID_VEGF_VEGFR_PATHWAY     PID_VEGF_VEGFR_PATHWAY      4/52  10/3359 1.002112e-05
4  PID_ER_NONGENOMIC_PATHWAY  PID_ER_NONGENOMIC_PATHWAY      6/52  40/3359 2.631656e-05
5 PID_P53_DOWNSTREAM_PATHWAY PID_P53_DOWNSTREAM_PATHWAY     10/52 137/3359 3.348268e-05
6    PID_ERBB2_ERBB3_PATHWAY    PID_ERBB2_ERBB3_PATHWAY      6/52  44/3359 4.616145e-05
      p.adjust       qvalue                                             geneID Count
1 2.013367e-05 1.180389e-05 PIK3CA/NRAS/KDR/NTRK3/VEGFA/PDGFRB/EGFR/NTRK1/KRAS     9
2 1.981066e-04 1.161451e-04             PIK3CA/KDR/CSF1R/MET/VEGFA/PDGFRB/EGFR     7
3 5.277789e-04 3.094240e-04                                FLT1/KDR/FLT4/VEGFA     4
4 1.035689e-03 6.071995e-04                   ESR1/PIK3CA/NRAS/GNA11/GNAQ/KRAS     6
5 1.035689e-03 6.071995e-04     APC/PMS2/RB1/TP53/TSC2/MET/PTEN/MSH2/EGFR/MLH1    10
6 1.035689e-03 6.071995e-04                   ERBB2/PIK3CA/NRAS/ERBB3/NF2/KRAS     6
PR_PID_m <- read.csv('PR_PID_m.csv',header = T)
> head(PR_CP_m)
            Category CategoryID     GO                           Description PARENT_GO  LogP
1 Canonical Pathways         11   M100                      PID SHP2 PATHWAY        NA -14.0
2 Canonical Pathways         11   M145            PID P53 DOWNSTREAM PATHWAY        NA -12.0
3 Canonical Pathways         11 M19043                         ST ADRENERGIC        NA -12.0
4 Canonical Pathways         11    M91                     PID TCPTP PATHWAY        NA -11.0
5 Canonical Pathways         11   M279                       PID RB 1PATHWAY        NA  -9.9
6 Canonical Pathways         11   M295 SIG PIP3 SIGNALING IN CARDIAC MYOCTES        NA  -9.8
  Enrichment Z.score X.TotalGeneInLibrary X.GeneInGO X.GeneInHitList X.GeneInGOAndHitList
1         71      25                28160         57              63                    9
2         33      18                28160        137              63                   10
3         85      24                28160         37              63                    7
4         74      23                28160         42              63                    7
5         48      18                28160         65              63                    7
6         47      18                28160         67              63                    7
  X.InGO STDV..InGO                                           GeneID
1     14        4.4     1956|3791|3845|4893|4914|4916|5159|5290|7422
2     16        4.6 324|1956|4233|4292|4436|5395|5728|5925|7157|7249
3     11        4.0                  324|367|673|1956|2767|2776|5290
4     11        4.0               1436|1956|3791|4233|5159|5290|7422
5     11        4.0                 894|896|1019|1021|1029|4233|5925
6     11        4.0               1029|2066|4233|5290|5728|7248|7249
                                                Hits Log.q.value. GeneList
1 EGFR|KDR|KRAS|NRAS|NTRK1|NTRK3|PDGFRB|PIK3CA|VEGFA        -12.0   MyList
2     APC|EGFR|MET|MLH1|MSH2|PMS2|PTEN|RB1|TP53|TSC2        -10.0   MyList
3                 APC|AR|BRAF|EGFR|GNA11|GNAQ|PIK3CA         -9.8   MyList
4             CSF1R|EGFR|KDR|MET|PDGFRB|PIK3CA|VEGFA         -9.5   MyList
5               CCND2|CCND3|CDK4|CDK6|CDKN2A|MET|RB1         -8.2   MyList
6             CDKN2A|ERBB4|MET|PIK3CA|PTEN|TSC1|TSC2         -8.2   MyList

二、对比步骤

1.对比自定义基因集富集结果<