GO/KEGG/自定义通路的富集方法

目录

前言

一、数据背景

二、使用步骤

1.加载所需的R包

2.读入数据与处理表格

3.enrichGO函数进行GO/KEGG/自定义通路的富集

4.简单的可视化

三、结论

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前言

clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等，并且对富集分析结果进行可视化。

这里将使用clusterProfiler包对一些数据进行GO、KEGG等富集分析，并对富集结果可视化。

一、数据背景

本次使用到两组预后不同的临床样本的基因，希望通过富集通路来比较两者的差异通路。

二、使用步骤

1.加载所需的R包

library(clusterProfiler) #clusterProfiler的主体
library(org.Hs.eg.db) #人类的参考基因组数据包
library(stringr) #处理表格数据的包
library(msigdbr) #对GSEA官网的通路数据
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