寻找影响免疫浸润细胞的基因（一)

最新推荐文章于 2024-05-22 09:33:13 发布
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版权

​​目录

前言

一、immunedeconv包的安装

二、数据的前期处理

1.基因ID的转换以及数据格式的处理

2.数据的前期处理

3.计算免疫浸润程度

总结

前言

目前已经有许多的算法可以根据RNA-seq计算免疫细胞的浸润，其中代表性的R包是immunedeconv。接下来这个系列文章将根据通过这个包计算RNA-seq数据中的免疫浸润程度，并通过这个数据计算影响免疫浸润的相关基因。

一、immunedeconv包的安装

immunedeconv不太好安装，建议使用从github下载源代码进行本地安装。

首先，下载Code包：

进入immunedeconv 作者的主页：

GitHub - icbi-lab/immunedeconv: A unified interface to immune deconvolution methods (CIBERSORT, EPIC, quanTIseq, TIMER, xCell, MCPcounter)

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小C_先生
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TIMER（Tumor Immune Estimation Resource）是一个用于分析肿瘤免疫浸润的工具，它可以通过基因表达数据来估计不同类型的免疫细胞在肿瘤组织中的比例。下面是一个使用R语言进行TIMER免疫浸润分析的示例代码： ```R # 安装所需的包 install.packages("devtools") devtools::install_github("LiXinran2019/TIMER") # 导入所需的包 library(TIMER) # 读取基因表达数据 expression_data <- read.csv("expression_data.csv", header = TRUE, row.names = 1) # 运行TIMER分析 timer_result <- TIMER(expression_data) # 输出结果 print(timer_result) ``` 上述代码中，首先需要安装`devtools`包，并使用`devtools::install_github()`函数安装`TIMER`包。然后，使用`library()`函数导入`TIMER`包。接下来，使用`read.csv()`函数读取基因表达数据，其中`expression_data.csv`是包含基因表达数据的文件名。最后，使用`TIMER()`函数对基因表达数据进行分析，并将结果保存在`timer_result`变量中。最后，使用`print()`函数输出结果。 请注意，以上代码仅为示例，实际使用时需要根据具体情况进行修改和调整。

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