批量富集分析气泡图的画法

目录

前言

一、compareCluster函数

二、使用步骤

1.加载包

2.读入数据

3.处理数据数据

 4.ID转换

5.通路富集

6.可视化

总结

---

---

前言

        clusterProfile是常用的基因富集分析的包，之前已经介绍过了对但样本集合进行富集分析的操作。本次我们尝试一下使用包中的compareCluster函数对多个样本进行富集分析，并使用气泡图进行展示。

---

提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

一、compareCluster函数

这个函数是clusterProfile中自带的函数，可以对多个基因集分别进行基因富集分析，并使用使用气泡图进行可视化，方便比较。

二、使用步骤

1.加载包

代码如下（示例）：

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(stringr)
library(dplyr)
library(tibble)
library(tidyr)

2.读入数据

有两个文件，一个是数据文件，一个是病人分组

mutation <- read.csv('mutation.xls',header = T,sep = '\t')
mutation <- mutation[,c("Gene_refGene","patient","sampleID")]
> head(mutation)
  Gene_refGene patient   sampleID
1       ARID1A  S01001 S01001_EOT
2         FLT3  S01001 S01001_EOT
3          RB1  S01001 S01001_EOT
4          RB1  S01001 S01001_EOT
5         ARAF  S01001 S01001_EOT
6        ERBB2  S01001  S01001_C1
patient_information <- read.csv("panient_information.csv",header = T)
> head(patient_information)
  patient siteBestResponse SD.24wk C1有无血
1   01001               PD      NA       NA
2   01002               PR      NA        0
3   01003               SD       1       NA
4   01004               PR      NA        0
5   01006               PR      NA        0
6   01007               PR      NA       NA

3.处理数据数据

我们的表格是不符合compareCluster的要求的，所以需要处理一下

colnames(patient_information)[1] <- 'patient' ##修改指定列名
colnames(mutation)[1] <- 'gene' #修改mutation第一列列名为gene
mutation$patient <- str_replace(mutation$patient, "S",&