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生信分析
文章平均质量分 59
生信的基础概念、生信数据来源、生信工具实现
ZJ_Yeah
这个作者很懒,什么都没留下…
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测序相关
一、二代测序在illumina的测序文件中,采用双端测序(paired-end),一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件,每个文件存放一段测序文件。1.terminal sequence:保护碱基2.adapter:接头序列,adapter适合flowcell上的接头互补配对结合3.index:索引序列,特意序列,提高Illumina测序仪的使用率,同一泳道可能会测序多个样品,样品间的区分通过index区分4.Primer Binding Site:引物原创 2021-03-15 13:53:46 · 431 阅读 · 0 评论 -
文献实现基因组装工具实现2_Ra
实现2 Ra仍然是在实现1的条件下进行实验步骤进入Ra的Github页面,下载其源代码尝试使用git clone方式但存在以下问题:下载缓慢,经常下载不全 - 了解[**Git**菜鸟教程](https://www.runoob.com/git/git-tutorial.html),详情请见[Git相关简明指南](https://www.runoob.com/manual/git-guide/)附注:下载Git,使用Git cmd,推荐使用git clone方式,下载源代原创 2021-03-10 10:37:21 · 110 阅读 · 0 评论 -
文献实现之基因组组装_实现1
实现1 AlignGraph2一切都在VirtualBox下新建Linux虚拟机Centos7上实现,通过共享文件夹的方式从windows系统,向虚拟机传输所需文件附注:每次虚拟机系统关机或重启需要重新挂载共享文件夹步骤了解Github、Git命令(以便于下载源代码)Github介绍,详情请见韩顺平简介Github了解Git菜鸟教程,详情请见Git相关简明指南附注:下载Git,使用Git cmd,推荐使用git clone方式,下载源代码,不推荐使用download zip,原创 2021-03-08 10:33:31 · 122 阅读 · 0 评论 -
原始测序数据来源——SRA数据库
一、SRA数据库简介SRA数据库SRA——Sequence Read Archive(存档来自各种高测序平台的原始测序数据和比对信息)数据(Studies(研究课题)、Experiments(实验设计)、Runs(测序结果集)、Samples(样品信息)(Studies->Experiments->Samples->Runs))SRA数据库用不同前缀表示:1、ERP或SRP表示Studies2、SRS表示Samples3、SRX表示EXperiments4、SRR表示原创 2021-03-06 21:55:27 · 2639 阅读 · 0 评论