测序相关

一、二代测序

在illumina的测序文件中，采用双端测序（paired-end），一个样本得到的是seq_1.fastq.gz和seq_2.fastq.gz两个文件，每个文件存放一段测序文件。

1.terminal sequence：保护碱基
2.adapter:接头序列，adapter适合flowcell上的接头互补配对结合
3.index：索引序列，特意序列，提高Illumina测序仪的使用率，同一泳道可能会测序多个样品，样品间的区分通过index区分
4.Primer Binding Site：引物结合位点

附注：此处转载于知乎陈超群对测序技术的回答

二、三代测序

三代测序入门

1. 10X Genomics:Illumina二代测序的升级版：

1、首先将每个长片段DNA分配至不同的油滴中
2、利用GEM建库技术，长片段DNA切碎成适合测序的大小，来源于同一段的DNA的同片段带上相同的标记（Barcode）
3、随后在Illumina测序系统上测序完成后，理论上可以将来自同一DNA的不同片段组合拼接在一起。

附注：10X测序技术对GC具有偏好性，但是不太清楚这个有什么坏处，为什么会影响覆盖率？

2. PacBio SMRT：

1.DNA聚合酶和模板结合，利用DNA复制原理，将不同碱基带上不同的荧光标记，根据碱基配对原则，不同碱基的加入，会发出不同的光，根据光的波长的峰值以此判断进入的碱基类型。
2.DNA聚合酶是实现超长读长的关键之一，读长跟酶的活性相关，酶的活性又受激光所影响。

3. Nanopore：

根据DNA碱基通过纳米孔的电流强度，利用电子设备检测这些变化从而鉴定所通过的碱基。

4. Pacbio数据分析

1.polymerase reads：含接头的测序序列
2.subreads：通过去除低质量和接头序列得到的处理过的序列
3.CLR：环绕测序次数<2的reads
4.CCS：多个环绕测序（passes），对多个reads进行一致性校正得到的唯一reads

三、PCR

PCR：聚合酶链式反应，将基因复制到肉眼可见的部分，不断复制DNA，通过温度的调节，DNA聚合酶不会失活，不断打开DNA双链，复制连续不断进行。

四、嵌合序列

嵌合序列
嵌合序列可简单认为是拥有两条序列信息的序列

1.可在PCR扩增时出现（比如两条序列交缠在一起，扩增了一条序列的一半，又接着扩增另一条序列）
2.也可在（Illumina PE双端）序列拼接过程中也可能产生嵌合体

其他测序技术的拼接过程终不会产生嵌合序列吗?