文献实现基因组装工具实现2_Ra

实现2 Ra

在wsl(ubuntu20.04 LTS)（子系统）、windows terminal（相当于一个shell，据说也可以远程连接，相当于xshell）的条件下进行实验
下载方式：均在windows应用商店下载（windows需要是正版）

步骤

1. 进入Ra的Github页面，下载其源代码
   • 尝试使用git clone方式

但存在以下问题：下载缓慢，经常下载不全
解决方法：1、换源，加上github域名和IP地址
         2、选择使用github页面右侧Release最新版本下载
         3、下载代码方式采用download zip方式，里面包含文件不全的情况，挨个下载引用文件，手动形成文件夹
注：以上解决办法均是或的关系

2. 阅读README.md文件，查看Requirements
   2.1. 安装gcc、g++:利用sudo apt-get gcc/g++
   2.2. 安装cmake:同样利用相同的格式下载——sudo apt-get cmake

可利用检查 xx --version查看版本信息，从而检查是否安装上

3. cmake、make编译

但存在以下问题：1、cmake时，显示CXX_complier:unknown
              2、make出现error，找不到zlib.h的头文件，见图
解决方法：问题1解决：sudo apt-get g++
         问题2解决：sudo apt-get install zlib1g-dev

附注：1、关于linux出现zlib.h文件缺失问题，查看该博客
2、zliblg-dev作用：编译依赖zlib的软件要用，ubuntu默认不带
3、之后可以试试解决Ubuntu文件依赖问题：apt-get build-dep

4. 开始使用数据集进行跑实验，利用SRA数据库下载方式进行下载原始测序数据集，得到例如数据集SRR5565597.1.fastq.gz文件;根据命令 ./bin/ra -x ont 数据集所在位置 运行实验