Linux服务器1

一、服务器介绍使用

1. 工具简介：xshell(远程访问)、xftp(传输文件)
2. 搭建、开启环境相关 ——miniconda（或者Anaconda）

1.conda是指开源包管理系统和环境管理系统，可以简单的认为是如果存在多个python版本，则可方便切换不同版本的python环境
2.Anaconda包含conda、某个版本的python、众多packages和科学计算包以及各种不常用的库
3.miniconda则是Anaconda的精简版，只包含conda和python，以及必要的相关依赖性，如果需要其他库，利用`conda install`安装

相关conda基本操作详情请见

3. 搭建进入对应环境conda activate env_name后，就正常利用Linux系统运行程序即可，详情请见文献实现基因组装工具实现2_Ra

二、Linux相关注意点

1. exit命令注销账户，断开远程连接，显示“there are stopped jobs”

解决办法：当前还存在未杀死的进程，使用jobs -l,查看后台因为使用ctrl +x被后台挂起的进程，得到挂起进程的进程号，利用kill -9 pid，杀死进程

2. nohup大法使得程序执行在后台，利用nohup command >output_log.txt 2>&1 &,将原本在终端中显示的输出到output_log.txt中，nohup具体用法详情请见菜鸟教程
3. 有时得到的结果文件，例如后缀为.paf、.fastq文件，用windows打不开时，可尝试利用Linux命令less -SN XX.fastq
4. 查看当前服务器是否存在空闲，利用CUDA之navidia-smi命令查看，具体参数可网上进行了解；查看当前自己程序使用CPU、内存等性能表示，利用top命令