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最新推荐文章于 2024-07-29 08:00:39 发布

永远的蛋炒饭

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gff3等文件转12列的bed文件

费劲千辛万苦，终于算成功了，还没测试最后的结果，不过估计差不多了
快哭了，弄了大半个晚上，因为使用convert2bed转换的bed文件并不是想要的，具体的导致差别的原因目前我还不清楚，总之，这个算是给自己的一个提醒，希望也能给其他人一个帮助。

使用transdecoder工具里面的脚本gff3_file_to_bed.pl会报错，现在还不知道为什么，UCSC的gff3ToGenePred.dms还没整明白，不过也能进行转换。bedops的gff2bed生成的也不是想要的12列的bed数据，这个和convert2bed差不多，我差不多一个一个试了，学习就是一个踩坑的过程。(;´༎ຶД༎ຶ`)
总之，最后使用 Juke34 这个大佬写的agat中的agat_convert_sp_gff2bed.pl 脚本转换成功了，具体的运行脚本什么的我也不写出来了，就一行的事，长路漫漫，希望自己能够一直保持一颗学习的热枕！加油！！

agat的使用一定要看它的帮助文档，要按照perl大量的依赖包，不过这个也不是什么难事，碰到问题谷歌就行了！

这是处理前的文件

Chr1	phytozomev10	gene	3631	5899	.	+	.	ID=AT1G01010.TAIR10;Name=AT1G01010
Chr1	phytozomev10	mRNA	3631	5899	.	+	.	ID=AT1G01010.1.TAIR10;Name=AT1G01010.1;pacid=19656964;longest=1;Parent=AT1G01010.TAIR10
Chr1	phytozomev10	five_prime_UTR	3631	3759	.	+	.	ID=AT1G01010.1.TAIR10.five_prime_UTR.1;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964
Chr1	phytozomev10	CDS	3760	3913	.	+	0	ID=AT1G01010.1.TAIR10.CDS.1;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964
Chr1	phytozomev10	CDS	3996	4276	.	+	2	ID=AT1G01010.1.TAIR10.CDS.2;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964
Chr1	phytozomev10	CDS	4486	4605	.	+	0	ID=AT1G01010.1.TAIR10.CDS.3;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964
Chr1	phytozomev10	CDS	4706	5095	.	+	0	ID=AT1G01010.1.TAIR10.CDS.4;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964
Chr1	phytozomev10	CDS	5174	5326	.	+	0	ID=AT1G01010.1.TAIR10.CDS.5;Parent=AT1G01010.1.TAIR10;pacid=19656964

这是处理后的文件

Chr1    5927    8737    AT1G01020.1.TAIR10      0       -       6914    8666    255,0,0 10      336,633,76,67,86,74,46,90,48,167        0,509,1229,1456,1636,1834,2014,2308,2489,2643
Chr1    6789    8737    AT1G01020.2.TAIR10      0       -       7314    8666    255,0,0 8       280,294,86,74,46,90,48,167      0,367,774,972,1152,1446,1627,1781
Chr1    11648   13714   AT1G01030.1.TAIR10      0       -       11863   12940   255,0,0 2       1525,380        0,1686
Chr1    23145   31227   AT1G01040.1.TAIR10      0       +       23518   31079   255,0,0 20      1306,114,211,395,220,173,123,161,234,151,183,162,96,629,98,191,906,165,407,326  0,1396,1606,1895,2378,2679,2935,3146,3397,3716,3953,4226,4472,4657,5562,5744,6014,7001,7264,7756
Chr1    23415   31120   AT1G01040.2.TAIR10      0       +       23518   31079   255,0,0 20      1036,114,211,395,220,173,123,161,234,151,183,165,96,629,98,191,906,165,407,219  0,1126,1336,1625,2108,2409,2665,2876,3127,3446,3683,3956,4202,4387,5292,5474,5744,6731,6994,7486
Chr1    31169   33153   AT1G01050.1.TAIR10      0       -       31381   32670   255,0,0 9       255,82,121,66,108,66,29,124,125 0,351,523,763,918,1112,1261,1377,1859
Chr1    33378   37757   AT1G01060.3.TAIR10      0       -       33991   37061   255,0,0 10      211,347,1074,81,234,62,112,181,26,189   0,602,1022,2188,2351,3245,3431,3644,3994,4190
Chr1    33665   37840   AT1G01060.1.TAIR10      0       -       33991   37061   255,0,0 9       662,1074,81,234,62,112,181,26,272       0,735,1901,2064,2958,3144,3357,3707,3903
Chr1    33665   37780   AT1G01060.2.TAIR10      0       -       33991   37061   255,0,0 8       662,1074,81,234,62,112,181,408  0,735,1901,2064,2958,3144,3357,3707