GFF3 TO GTF

最新推荐文章于 2024-07-29 08:00:39 发布

msw521sg

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分类专栏：生物信息 python 文章标签： gff3 gtf python gmap 基因组

本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/58595112

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本文介绍如何将使用gmap软件生成的GFF3格式文件转换为GTF格式。GFF3文件格式是基因组注释的常见表示，而GTF则常用于基因组数据分析。提供的脚本展示了这种转换的过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

GFF3 TO GTF

gff3格式是使用gmap软件得到的。

输入文件gff3的格式如下：

chr1A   IWGSCv1.0_gmap  gene    11740   12074   .   +   .   ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1 
chr1A   IWGSCv1.0_gmap  mRNA    11740   12074   .   +   .   ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.mrna1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1;Parent=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.path1;coverage=100.0;identity=100.0;matches=335;mismatches=0;indels=0;unknowns=0    
chr1A   IWGSCv1.0_gmap  exon    11740   12074   100 +   .   ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.mrna1.exon1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1;Parent=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1.mrna1;Target=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_023354_AA0082670.1 1   335 +   
chr1A   IWGSCv1.0_gmap  gene    22427   24851   .   -   .   ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_024449_AA0082770.1.path1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_024449_AA0082770.1 
chr1A   IWGSCv1.0_gmap  mRNA    22427   24851   .   -   .   ID=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_024449_AA0082770.1.mrna1;Name=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_024449_AA0082770.1;Parent=TRIAE_CS42_1AS_TGACv1_024449_AA0082770.1.path1;coverage=100.0;identity=100.0;matches=2425;mismatches=0;indels=