使用 pyradiomics 进行医学影像学图像的特征提取

1. 安装 pyradiomics 包

1.1. 运行环境配置

1. 确保计算机已经安装了python，并且版本在3.5及以上
2. 下载并解压项目到本地
   项目地址：https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics
3. 安装terminal终端（微软应用商店搜索 terminal ）,傻瓜式安装。
4. 安装 MSVC 依赖包，这一步至关重要
   大多数 windows 系统都没有预装 MSVC 依赖。当然你可以通过安装 Visual Studio 的简单粗暴的方式来安装这个依赖，但是奈何VS本身体积过大，为了一个building tool装一整个VS，未免有些杀鸡用牛刀之嫌。这里介绍两种方式：

   • 在线下载安装包下载器：
     下载方式1：百度网盘
     下载方式2：官方下载
     大马路上偷的安装教程：安装教程|

   • 离线安装包
     百度网盘：
     https://pan.baidu.com/s/1ytKIVSBXLMQhrXleC_I4dA
     提取码：8scp
     安装方法
     下载后双击iso文件，然后直接双击运行 VisualCppBuildTools_Full.exe 即可。

1.2. 依赖安装与检验

1. 使用 terminal 进入 1.1.3 中提到的文件的位置（如果使用 GitHub Desktop 下载，位置应该在 Doucments\Github\pyradiomics 文件夹内）
   进入方法：cd xxxx ，此略
2. terminal 中输入：

   python -m pip install -r requirements.txt
   

   若输出

   Requirement already satisfied: numpy>=1.9.2 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from -r requirements.txt (line 1)) (1.22.4)
   Requirement already satisfied: SimpleITK>=0.9.1 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from -r requirements.txt (line 2)) (2.1.1.2)
   Requirement already satisfied: PyWavelets>=0.4.0 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from -r requirements.txt (line 3)) (1.3.0)
   Requirement already satisfied: pykwalify>=1.6.0 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from -r requirements.txt (line 4)) (1.8.0)
   Requirement already satisfied: six>=1.10.0 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from -r requirements.txt (line 5)) (1.16.0)
   Requirement already satisfied: ruamel.yaml>=0.16.0 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from pykwalify>=1.6.0->-r requirements.txt (line 4)) (0.17.21)       
   Requirement already satisfied: python-dateutil>=2.8.0 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from pykwalify>=1.6.0->-r requirements.txt (line 4)) (2.8.2)      
   Requirement already satisfied: docopt>=0.6.2 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from pykwalify>=1.6.0->-r requirements.txt (line 4)) (0.6.2)
   Requirement already satisfied: ruamel.yaml.clib>=0.2.6 in c:\users\repo\appdata\local\programs\python\python38\lib\site-packages (from ruamel.yaml>=0.16.0->pykwalify>=1.6.0->-r requirements.txt (line 4)) (0.2.6)    
   

   之类，不报错，则说明安装成功。
3. 继续在 terminal 中输入：

   python setup.py install
   

   若前文没有安装MSVC，则会提醒你如下错误：

   error: Microsoft Visual C++ 14.0 is required. Get it with "Build Tools for Visual Studio": https://visualstudio.microsoft.com/downloads/ Tools":
   

   若稳定地输出了很多东西，回溯记录的时候也没有发现诸如“error”、“fatal”、“unexpected”之类的错误报告行的话，就说明运行成功。
4. 在 terminal 中输入 python ，在三箭头后输入 import radiomics，若无任何输出（注：什么也没有），则安装完成。

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2. pyradiomics使用案例

2.1. 运行准备

创建test.py，内容如下

import radiomics
import radiomics.featureextractor as FEE
 
# 文件名
main_path =  '.'
ori_name = r'\brain1_image.nrrd'
lab_name = r'\brain1_label.nrrd'
para_name = r'\Params.yaml'
 
# 文件全部路径
ori_path = main_path + ori_name  
lab_path = main_path + lab_name
para_path = main_path + para_name
print("originl path: " + ori_path)
print("label path: " + lab_path)
print("parameter path: " + para_path)
 
# 使用配置文件初始化特征抽取器
extractor = FEE.RadiomicsFeatureExtractor(para_path)
print ("Extraction parameters:\n\t", extractor.settings)
print ("Enabled filters:\n\t", extractor.enabledImagetypes)
print ("Enabled features:\n\t", extractor.enabledFeatures)
 
# 运行
result = extractor.execute(ori_path,lab_path)  #抽取特征
print ("Result type:", type(result))  # result is returned in a Python ordered dictionary
print ("")
print ("Calculated features")
for key, value in result.items():  #输出特征
    print ("\t", key, ":", value)

找到以下三个文件：

测试用图片：
pyradiomics\data\brain1_image.nrrd
pyradiomics\data\brain1_label.nrrd
测试用配置文件：’
pyradiomics\examples\exampleSettings\Params.yaml

在电脑任意位置，新建一文件夹，将上述提到的四个文件全部放入其中。

2.2. 运行

使用 terminal 打开上述文件夹，输入以下代码：

python test.py

回车运行之，即可正常输出。

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任何运行中出现的问题，烦请致电邮 repoexr@163.com