【无标题】

kegg数据库更新了，导致用原来的Y叔脚本做KEGG富集分析报错

报错信息如下：

--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL…

经过查询，发现是因为KEGG数据库的API更新了，详见：https://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html

经过Y叔连夜修改，clusterProfiler等相关分析包已经修改了

大家可以自己到bioconductor看下最新的安装命令，把包更新下，或者重新安装。

以下是安装方式

1.本地安装，把相应的包下载在本地，通过本地安装的方式安装

install.packages('~/biof/clusterProfiler_4.6.1.tgz',repos = NULL, type="source")
install.packages('~/biof/DOSE_3.24.2.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/GOSemSim_2.24.0.tgz',repos = NULL,type = 'source')
install.packages('~/biof/HDO.db_0.99.1.tar.gz',repos = NULL,type = 'source')`

2.在线安装

devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/HDO.db")
devtools::install_github('YuLab-SMU/clusterProfiler')

因为这些包环环相扣，互相依赖，最好包都更新。

如果出现以下提示，请输入1，让他全部更新

Enter one or more numbers, or an empty line to skip updates：

如果大家有困难，可以私聊关注此微信公众号biofsci，回复kegg，可远程帮忙解决。

KEGG数据库（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的生物信息学数据库，旨在整合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等多种高通量生物学数据，为生物学研究提供全面的数据支持和基础知识。KEGG数据库主要包括以下内容。

KEGG数据库提供了基于网络的数据可视化和交互式工具，方便用户进行数据分析和挖掘。此外，KEGG数据库还提供了丰富的生物信息学工具和服务，如基因注释、代谢通路预测、差异表达分析等，为生物学研究提供了重要的支持。