GO绘图问题

在使用R语言的enrichGO函数进行GO注释富集分析时,遇到Nogenecanbemapped错误,原因是输入的基因ID不是字符类型。解决方法是将包含基因名称的列转换为character类型,如genes<-as.character(ID$genename)后即可正常绘图。
摘要由CSDN通过智能技术生成

当进行GO绘图的时候

ego_CC <- enrichGO(gene = genes,
                   OrgDb=org.At.tair.db,
                   keyType = "TAIR",
                   ont = "CC",
                   pAdjustMethod = "BH",
                   minGSSize = 1,
                   pvalueCutoff = 0.5,
                   qvalueCutoff = 0.5,
                   readable = TRUE)

会出现以下问题

--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID: AT1G24250,AT3G05210,AT3G22590,AT5G63110,AT3G01320,AT1G54360
--> return NULL...

解决方法

将所要进行绘图的那一列进行as.character转换

例如:

genes<-as.character(ID$genename)

然后再绘图就可以了

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