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RSS订阅原创 GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用
ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的，谁用谁知道！像NCBI(GEO/sra)就是在用，总之两个字：真香！
2022-06-03 17:39:25
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原创 如何快速学会画漂亮的ROC图
pROC是一个专门用来计算和绘制ROC曲线的R包，目前已被CRAN收录，因此安装也非常简单，同时该包也兼容ggplot2函数绘图，本次就教大家怎么用pROC来快速画出ROC图。在医学领域主要用于判断某种因素对于某种疾病的诊断是否有诊断价值。什么是ROC曲线和AUC，以及如何去看ROC曲线的结果，可以这样总结：ROC曲线呢，其实就是每个对应的cutoff值都有一个对应的真阳性率（纵坐标）和假阳性率（横坐标），比如选择了10个cutoff值，那就相当于有个10个点，把这些点连成一条线就是ROC曲线。AUC值就是
2022-05-21 22:25:04
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原创 一分钟掌握画发文章级别的网络图network
我们已经封装好完善的分析代码，有完整的案例数据和操作文档，几分钟便可以拿到漂亮的network图。需要代码的小伙伴，关注➕VX:InfoStudio01，备注“CSDN”，便可以免费获取源码和案例哈！
2021-11-21 21:24:00
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原创 科研绘图自动化画聚类热图heatmap
自动化画聚类热图heatmap，包括：1.详细完善的代码2.支持离线安装绘图依赖的程序包，无需联网3.详细的案例数据4.操作文档5.支持多种参数的个性化修改6.自动选择最佳的图片宽高（也支持手动指定）7.可一次性画出pdf/png/tiff格式的图片需要本代码教程的小伙伴，可以私信或留言。...
2021-11-17 21:11:56
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原创 用HTML/CSS制作个人简历
HTML/CSS/Javascript是网页制作以及自动化报告制作用到的三大主力。由于Javascript多数情况下用于动画视效，本次简历制作没有涉及到动画过渡，所以我们先来看看HTML/CSS咋回事。好了，我们开始进入正题，首先需要用HTML写一下大体的框架，然后用CSS点缀下，使得样式更美观，在这里我极力推荐Visual Studio Code编辑器(https://code.visualstudio.com/Download)。我们先来看下最终的效果怎么样。【此处无法插入视频，观看视频，可点击我们
2021-01-25 17:58:32
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原创 中医药网络药理学研究
网络药理学作为中医药研究领域的前沿和热点之一，主要建立在高通量组学数据分析、计算机虚拟计算及网络数据库检索基础上，围绕生物学、生物网络构建和分析、连接性、冗余性和多效性等进行药物有效性、毒性、代谢特性的揭示。开启了一种多靶标与多种疾病间复杂网状关系的新研究模式。中药复方与网络药理学中药复方由多味药组成，所含化学成分复杂、药理作用具有多靶点、多途径、多层次的特点，致使中药复方药理研究往往遇到中药物质基础不清、作用机制不明、研究基础与临床应用脱节等问题。而网络药理学讲究整体性、系统性、相互作用，所以网络药理
2021-01-22 11:05:56
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原创 甲基化数据如何与基因表达谱数据联合分析
DNA的甲基化往往与基因的转录活性成反比，所以DNA的甲基化程度势必会影响基因的表达水平，进而影响基因的功能。今天我们就来看看如何将甲基化数据和基因表达水平数据进行整合分析。在次之前呢，需要先给大家说一下甲基化驱动基因(methylation-driven genes)的概念，如一个基因在癌症样本中相比正常样本低表达，而该基因在癌症样本中被高度甲基化，那么该基因就是一个methylation-driven gene。以下为完整的分析流程：![分析流程图](https://img-blog.csdnimg
2021-01-07 20:27:51
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原创 如何根据固定长度的碱基序列生成指定长度的，所有组合的序列结果？
前几天和我的博士同学聊天的时候，他问我，"比如ATCG四个碱基，你有什么快速办法帮我生成，长度为5bp,6bp,8bp长度的，所有组合的序列结果么？，我的分子实验需要利用这些结果做相应分析。。。。"，我一听，这不太简单了么，不过我思考了片刻（假装认真思考，有哪些好的解决办法）说，"我帮你写个通用的python脚本，以后你直接点点点，就可以了"
2020-11-11 00:22:10
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原创 TCGA|GEO可视化分析第2篇---KEGG|GO分析大全
导读：之前讲了如何用筛选出的差异基因做做相关性分析。那今天我和各位小伙伴深入的讲一下：（1）如何用clusterProfiler做KEGG|GO富集条形图，气泡图；（2）如何用enrichplot做gene-GO terms|gene-KEGG pathways网络图；（3）如何用GOplot绘制gene-GO terms|gene-KEGG pathways和弦图；（4）如何用heatplot绘...
2020-04-19 01:10:32
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原创 TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析
TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析导读正文：导读今天有小伙伴问我，筛选完差异基因后，想看自己关注的基因和其他基因的关系，应该怎么做？那当然要先做一下相关性分析了！好，下面让我给大家娓娓道来…正文：step1：我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch"...
2020-03-27 16:37:08
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空空如也
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