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高分文章复现系列1-瀑布图(有实操代码)
高分文章复现系列1-瀑布图(有实操代码)原创 2024-03-06 16:23:29 · 360 阅读 · 0 评论 -
GEO数据高速下载工具ascp的安装及使用
ascp/aspera对于生信中较大数据的下载上传是非常快速的,谁用谁知道!像NCBI(GEO/sra)就是在用,总之两个字:真香!原创 2022-06-03 17:39:25 · 1306 阅读 · 0 评论 -
如何给热图heatmap添加指定的标签?
给热图heatmap添加指定标签原创 2021-12-10 00:48:08 · 3993 阅读 · 1 评论 -
甲基化数据如何与基因表达谱数据联合分析
DNA的甲基化往往与基因的转录活性成反比,所以DNA的甲基化程度势必会影响基因的表达水平,进而影响基因的功能。今天我们就来看看如何将甲基化数据和基因表达水平数据进行整合分析。在次之前呢,需要先给大家说一下甲基化驱动基因(methylation-driven genes)的概念,如一个基因在癌症样本中相比正常样本低表达,而该基因在癌症样本中被高度甲基化,那么该基因就是一个methylation-driven gene。以下为完整的分析流程:![分析流程图](https://img-blog.csdnimg原创 2021-01-07 20:27:51 · 3973 阅读 · 0 评论 -
如何根据固定长度的碱基序列生成指定长度的,所有组合的序列结果?
前几天和我的博士同学聊天的时候,他问我,"比如ATCG四个碱基,你有什么快速办法帮我生成,长度为5bp,6bp,8bp长度的,所有组合的序列结果么?,我的分子实验需要利用这些结果做相应分析。。。。",我一听,这不太简单了么,不过我思考了片刻(假装认真思考,有哪些好的解决办法)说,"我帮你写个通用的python脚本,以后你直接点点点,就可以了"原创 2020-11-11 00:22:10 · 503 阅读 · 0 评论