甲基化数据如何与基因表达谱数据联合分析

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甲基化驱动基因

DNA的甲基化往往与基因的转录活性成反比，所以DNA的甲基化程度势必会影响基因的表达水平，进而影响基因的功能。今天我们就来看看如何将甲基化数据和基因表达水平数据进行整合分析。在次之前呢，需要先给大家说一下甲基化驱动基因(methylation-driven genes)的概念，如一个基因在癌症样本中相比正常样本低表达，而该基因在癌症样本中被高度甲基化，那么该基因就是一个methylation-driven gene。以下为完整的分析流程：

一、数据预处理

该流程中在数据预处理的时候需要注意的一点是，如果甲基化数据中有正常也有癌症样本，那么就需要先计算出差异的甲基化基因，因为甲基化差异程度一般没有基因表达水平差异那么大，所以建议条件设置为：|logFC|>0, P<0.05。若甲基化数据中只有癌症样本，则可以按照以上流程进行。对筛选出的差异表达基因和甲基化基因经过相关性分析后，保留cor<-0.3,p<0.05的DNA甲基化驱动基因对。

二、LASSO回归+Cox回归

上述筛选出的DNA甲基化驱动基因需要先经过LASSO回归初步筛选出与生存预后相关的基因，然后通过多因素Cox回归最终确定最佳的预后风险评估模型。后续可对模型中涉及的基因进行KM,ROC，相关性拟合图，甲基化程度密度度图，聚类热图，风险得分散点图等…,除此之外呢，还可以进行比如mRNA-ceRNA互作网络构建，PPI网络构建，mRNA-TF网络构建…可以根据具体的研究方向适当增加相关分析。以上就是甲基化驱动基因的相关分析，赶快点赞，关注，转发三连。

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