Discovery studio 2019 Linux版安装教程

张大铁

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分类专栏：科研文章标签：生物信息学 linux

于 2021-06-02 18:36:30 首次发布

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Discovery studio 2019 Linux 安装教程

一、准备工作

1.系统要求

RHEL 6
RHEL 7
CENTOS 7
SLES 11
如果是其他的系统，可以通过docker容器来解决。

2.依赖的软件包

redhat-lsb*(参考[LSB 简介 - arun_yh - 博客园 (cnblogs.com)])
tcsh
perl

二、安装服务本体

说明：假设所有的操作都在有root权限的账户下，如果在root用户下操作那么直接输入命令即可不需要sudo。注意这里的root权限只是为了安装依赖包和创建新的用户，ds本身的安装不需要root权限。

1.安装依赖

sudo yum update -y
sudo yum install redhat-lsb* -y
sudo yum install tcsh perl -y

2.创建用户，解压安装包

关于用户，一般推荐创建一个单独的用户，如果没有权限也可以使用自己的用户。这里演示的是为软件创建普通的用户。

sudo useradd q #这里的q也可以改成想要的用户名，或者选择不创建跳过前5行代码
mv ~/Discovery2019 /home/q
sudo chown -R q /home/q/Discovery2019
sudo chgrp -R q /home/q/Discovery2019 # 修改文件属性
sudo su q # 进入q账户,不创建账号则不需要以上的操作
cd ~/Discovery2019/install/
tar xvf BIOVIA_2019.DiscoveryStudio2019_Linux64.tar #解压得到DiscoveryStudio2019目录
cd ~/DiscoveryStudio2019&&./sciinstall #启动安装程序

3.开始安装

这里一共需要回车8次，输入一次许可证路径，输入一次安装路径。
启动页面显示支持的系统，经过尝试其他的系统（比如debian系和arch系）确实会有各种各样的问题。

回车两次进入选择安装的路径，这里笔者选择~/BIOVIA,注意这里要输入绝对路径！。

回车确定，提示选择输入许可证的路径，路径为 ~~/home/q/Discovery2019/active/dsaep-2022.lic~~ 实测这里直接使用msi.lic即可，需要注意的是，提前修改this_host，根据自己的路径修改。

经过5次回车进入安装，默认端口是9944和9943，如果端口被占用可以输入自己的空闲端口。这个时间极其漫长，建议泡一杯咖啡，学习c++并做一个EDA软件为国家发光发热。

经过漫长的等待，提示是否启动服务

回车选择启动服务

这里没有报错，则表示DS服务本体安装完成了。

三、破解软件

1.获取本机主机名

hostname
#VM-0-14-centos 这是我的腾讯云的主机名

2.复制上述主机名替换msi.lic中的this_host

3.替换完成后将msi.lic分别复制到三个目录,根据自己的目录修改。

cp ~/Discovery2019/active/msi.lic ~/BIOVIA_LicensePack/Licenses/
cp ~/Discovery2019/active/msi.lic ~/BIOVIA_LicensePack/share/data/
cp ~/Discovery2019/active/msi.lic ~/BIOVIA_LicensePack/linux/bin/

4.启动许可证服务

source ~/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile
lp_server -s

如果显示

Attempting to start the server...
Server has been started.

Run lp_set_env

    OR

csh: source /home/q/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_cshrc
sh:  . /home/q/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile

to refresh shell license administration environment setup.

则代表成功启动许可证服务，此时ds已经可以使用了，如果显示其他的情况，极小的概率可以通过重新设置许可证服务器解决，大部分都是系统依赖问题或者是其他不受支持的系统导致，需要更换系统或者使用docker容器。

5.通过网页端修改配置文件，使DS能够突破并行核心数只有4个的限制。

输入账号密码登录
账号：scitegicadmin
密码：scitegic

安装结束。

四.系统重启时如何启动服务

1.启动许可证服务

source ~/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile
lp_server -s

2.启动tomcat服务

~/BIOVIA/linux_bin/startserver

在这里插入图片描述

如果使用不受支持的Linux系统，例如ubuntu，arch，则可以通过docker部署。

这里使用Ubuntu20.04为例，只是搭建ds的服务，并不深入探究docker容器。

1.安装docker

参考Ubuntu安装docker官方教程，不再赘述。

2.拉取centos7镜像

sudo docker pull centos:7
sudo docker images # 查看拉取的镜像
#REPOSITORY   TAG       IMAGE ID       CREATED        SIZE
#centos       7         8652b9f0cb4c   6 months ago   204MB

3.使用拉取的centos7镜像创建容器

sudo docker run -it -d --shm-size="1g" -p 9944:9944 -p 9943:9943 8652 bash 
#参数解释：
# -it -d 交互式后台运行
#--shm-size 共享内存大小设置，这里如果不设置默认为64mb，不设置此参数ds使用也暂时没发现问题，但是其他软件会因为共享内存太小而报总线错误
#-p 端口映射，前一个是宿主机端口，后一个是容器内端口，假设我想通过宿主机1122端口访问容器内3344端口，则可以-p 1122:3344，多个端口就写多个-p
# 8652:容器的id
#bash 与容器交互使用的程序
sudo docke ps -a #显示正在运行的容器
#CONTAINER ID   IMAGE     COMMAND   CREATED          STATUS          PORTS                                                           NAMES
#b03c3e38e192   8652      "bash"    46 seconds ago   Up 44 seconds   0.0.0.0:9943-9944->9943-9944/tcp, :::9943-9944->9943-9944/tcp   zealous_wescoff

4.配置容器

sudo docker cp ~/Discovery2019 b03c:/root # 复制安装包到docker容器内
sudo docker exec -it b03c bash #进入容器，进入容器后，默认是root账户

此时进入的容器即一个mini的centos7系统，进行开始的操作即可。