Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） 预测突变形成二硫键改造蛋白质

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中预测蛋白质二硫键的操作过程。

所需功能和模块：Discovery Studio Client

所需数据文件：2CBA.dsv

所需时间：1小时

介绍

蛋白质通过选择性的氨基酸突变形成二硫键，可能增强蛋白质稳定性。然而稳定的突变位点不仅仅由空间距离决定。稳定的二硫键之间除了有比较好的空间立体距离，还包括其它的一些因素，比如立体位阻、氨基酸埋藏深度等因素。

Predict Disulfide Bridges工具尝试建立二硫键在一对氨基酸之间，保持它们之间的最好的几何空间距离，同时下列因素可能影响建立二硫键的稳定性，比如立体位阻、可溶剂表面积、氨基酸埋藏深度、体积改变、序列间隔、温度因子变化等。

蛋白质二硫键的预测

1.打开蛋白质结构文件，在菜单栏点击Open，然后选择2CBA.dsv打开。

 图一

2.点击Macromolecules| Design Protein| Predict Disufide Bridges，进行二硫键的预测。然后点击First按钮查看第一个预测的二硫键的位置。

 图二

3.同时弹出一张二硫键预测报表，包含立体位阻、可溶剂表面积、氨基酸埋藏深度、体积改变、序列间隔、温度因子变化等信息。

 图三

4.将二硫键预测报表拉到最后，里面包含了每一项信息的最优区间、中等区间、最差区间，并分别以绿色、橙色、红色进行颜色标注。比如一个稳定的二硫键的位置应该符合以下条件：能量变化小于5、过近接触为0、温度因子变化大于20、氨基酸间隔大于25、氨基酸埋藏深度在3和8之间、体积变化在25至50之间、理想环境在Coil-Coil之间、Chi3角度变化小于20.

 图四

5.构建二硫键的突变体，点击Macromolecules| Design Protein| Create Disufide Bridges

 图五

6.清除其它位置的预测信息，点击Macromolecules| Design Protein| Clear Predicition，此时图形窗口中只含有打分最高的含有二硫键的蛋白质的结构。

 图六