Discovery Studio Visualizer简单操作

Discovery Studio Visualizer

BIOVIA Discovery Studio（简称DS），是基于BIOVIA Pipeline Pilot 构建的面向生命科学领域的综合分子模拟平台。

注册下载：

https://discover.3ds.com/discovery-studio-visualizer-download

它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质、抗体结构功能研究，以及药物发现和改造设计。为科学家提供易用的蛋白质、抗体模拟、药物的发现与设计工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的分子模拟环境，DS将药物设计中实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。

BIOVIA Discovery Studio主要包含基本界面和显示模块、蛋白质建模及工程化设计模块、分子力学\分子动力学模拟模块、基于结构的药物发现及设计模块、基于片段的药物设计模块、基于药效团模型药物发现及设计模块、基于小分子药物发现及设计模块、生物大分子X-ray晶体结构解析模块等，同时DS软件具有强大的扩展性，可以对现有Protocol进行流程化的设计及整合。

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参考：

https://max.book118.com/html/2021/0130/7120045003003051.shtm

操作界面：

更改样式：
Ctrl+D 或点击菜单栏：View > Display Style ，点击Apply应用。

调工具栏:
区旋平放：View > Toolbars > View
画分子工具：View > Toolbars > Sketching


查看氢键：
点击配体，分子变成黄色。
Structure > Monitor > HBonds 显示配体和周围形成的氢键作用（氢键默认为绿色虚线）。

结构样式：
原子转成棍状模型，关闭蛋白丝带模型：
Ctrl + D > Atom > Stick Stick size: 0.10 ; Protein > Off ; Apply

查看相互作用：
选择想要看的分子。
工具栏选择：Receptor-Ligand Interactions > View Interactions > Show 2D Diagram

添加表面：
Structure > Surface > Add

测量距离：Shift + 选择两个原子 > Structure > Monitor > Distance
测量距离：Shift + 选择两个化学键 > Structure > Monitor > Angle
查看蛋白质序列：Sequence > Show Sequence
查看蛋白拉氏图：Chart > Ramachandran Plot

原子属性：
点击想查看的原子，右键 > Attributes of …

对氨基酸或蛋白质进行编辑：
Macromolecules

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附：PDB文件说明

PDB文件是生物大分子空间结构存储格式文件，PDB文件主要存储于PDB（蛋白质）和NDB（核酸）数据库。

https://www.rcsb.org/
http://ndbserver.rutgers.edu/

PDB中搜索结构：

除了坐标，每个存储在PDB的结构数据还包括分子名称，以及和二级结构信息，参考序列，可能还会包括配体分子和生物分子组装信息，以及数据收集和结构解析的细节。这些信息都会保存在蛋白结构文件（PDB）文件中。

HEADER: 分子类, 公布日期, ID号
OBSLTE: 注明此ID号已废弃, 改用新ID号
TITLE: 说明实验方法类型
CAVEAT: 可能的错误警告
COMPND: 化合物分子组成
SOURCE: 化合物来源
KEYWDS: 关键词
EXPDTA: 测定结构所用的实验方法
AUTHOR: 结构测定者
REVDAT: 修订日期及相关内容
SPRSDE: 已撤销或更改的相关记录
JRNL: 发表坐标的期刊
REMARK REMARK 1: 有关文献 REMARK 2: 最大分辨率 REMARK 3: 用到的程序和统计方法. 记述结构优化的方法和相关统计数据. REMARK 4-999: 其他信息

参考：

https://www.bilibili.com/video/av455495536/?vd_source=358bb9e0bb6e197db92319e1fb83b216