（10）使用Mash估计遗传距离

（1）使用Mash创建每个基因组的Sketches

注：mash要在funannotate下才能使用，所以要先conda激活funannotate哦~

(mash_sketch.sh内容)
#!/bin/bash

# 使用Mash创建每个基因组的Sketches
for genome in *_genomic.fasta;
do
    mash sketch -m 2 -k 21 $genome
done

#然后手动将所有的.mash文件放到同一目录下

（2）使用Mash比较所有Sketches，并输出距离矩阵

$ mash dist *.msh > distances.tsv
# 使用Mash比较所有Sketches，并输出距离矩阵

$ echo ""  # 输出距离矩阵
echo "Mash距离矩阵："
$ cat distances.tsv #获得遗传距离表格

  

（3）使用mashtree软件去建树

$ conda install -c anaconda mashtree 
#安装mashtree软件去进行建树
#好像不需要激活直接就可以使用
$ mashtree  *.msh > tree.dnd 
#利用生成的.mash文件进行建树，得到树之后下载到本地，用iTOL打开，只能看到拓扑关系，无法显示自展值

#这是根据遗传距离建的树，体现遗传距离上的远近

#老师说需要用单拷贝基因构建系统发育树，那样才是体现系统发育关系，更准确鉴定物种