（15）PAML的mcmctree分歧时间树教程

前言：之前跑了共线性比对，得到了单拷贝直系同源基因，获取了四倍碱基位点进行建树，接下来咱们就跑mcmctree

输入文件1）含校准点的有根树 2）密码子在3个位点的多序列比对结果 3）mcmctree配置文件
流程：
cd ~/Qxy/knowngenome/orthofinder #先建几个文件夹^-^
mkdir mcmctree  
cd mcmctree

一、含校准点的有根树

之前Orthofinder结果会得到单拷贝直系同源基因，24个石耳树＋外群有642个，然后构建ML树
在figtree中打开树，在Tree选项那里，选择root trees以外群为根，选择order nodes，选择transform branches这个格式选择equal
然后选择Export tree导出树为nemick格式XX.trees
然后去timetree网站http://www.timetree.org/上查找分子时间，选择石耳属分化时间47.2MYA，U.decussata和其他石耳的分化时间为29.9MYA
调整好树格式和内容后上传至服务器

#共线性比对结果同理~（总之就是要有基因序列，比对，建树）

自己去改好格式再上传啊！！！

二、密码子在3个位点的多序列比对结果

根据看的教程和各种说明，理解是密码子在三个位点分别的比对结果，意思是氨基酸第一位列在一起，第二位列在一起，第三位列在一起，但是尝试操作后报错，说输入序列的phylip格式不对，因此还是用密码子去跑mcmctree

2.1用orthofinder比对结果去做：

2.1.1拿到25个物种的cds序列（拿到之后别的流程也可以直接用）

cd 进入对应目录，应该包含XX.cds-transcripts.fa文件
python3 ~/Qxy/qxyjiaoben/CDS2.py #提前改名字
sh ~/Qxy/qxyjiaoben/orthofinder_changename.sh #要提前更改一下名字
rm -rf modified_cds1.fasta #中间文件删掉
cp 一下转到同目录下

#CDS2.py该脚本作用是把空格后面的那个删掉，从FUN_000001-T1 FUN_000001变成FUN_000001-T1(内容如下) 

vim CDS2.py  #脚本内容如下

from Bio import SeqIO
# 读取FASTA文件
records = SeqIO.parse('*.cds-transcripts.fa', 'fasta')

# 修改序列的描述符
new_records = []
for record in records:
    seq_id = record.id
    new_seq = str(record.seq)[:-11]  # 去掉最后11个字符
    new_record = f">{seq_id}\n{new_seq}"
    new_records.append(new_record)

# 将修改后的记录写入新的FASTA文件
output_file = 'modified_cds1.fasta'
with open(output_file, 'w') as f:
    f.write('\n'.join(new_records))

#orthofinder_changename.sh 这是个老脚本了，之前Orthofinder的时候也用过(内容如下) 

vim orthofinder_changename.sh 

#!/bin/bash
# 设置物种名变量
species_name="Umbilicaria_antarctica" #这个应该是换哪个名就填哪个哈哈哈，也挺方便不是

# 读取蛋白文件中每一行文本
while read -r line; do
  # 如果当前行包含 ">" 符号，说明是序列头部
  if [[ "$line" == ">"* ]]; then
    # 将序列 ID 和描述信息拆分出来，并在其前面加上物种名并连接
    new_header=">${species_name}${line#>}"
 echo "${new_header}" # 调试输出新的序列头部
  else
    # 否则说明是序列数据，直接输出即可
 echo "${line}"
  fi
done < "modified_cds1.fasta" > "Umbilicaria_antarctica_cds.fasta"

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