Winnowmap多线程之坑_winnowmap mpi-CSDN博客

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基本介绍

Winnowmap（https://github.com/marbl/Winnowmap）是一款用于三代测序数据比对的软件，其基于李恒大牛的Minimap2（https://github.com/lh3/minimap2）开发，Winnowmap作者称其在重复序列区域的比对上进行了优化，软件文章进行的评估表明Winnowmap在处理复杂区域结构变异上更有优势，但是其运行速度很慢，是Minimap2的二分之一或三分之一。
在多次使用Winnowmap比对后，我发现了它存在一个小问题，这里给大家分享一下。

一个小坑

问题描述：当我使用-t参数指定4个线程的时候，我发现Winnowmap实际使用了更多的线程，经过一些debug和往上搜索，逐渐找到了原因所在。

原因：winnowmap内部用了OpenMP并行，会同时并行3个程序（此数目不可更改，见下面的issue），它参数中的-t指定的是每个并行程序的线程数，因此假如-t指定7，那么winnowmap实际会使用21个线程，具体见下图：

[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-rxftd9k5-1677419970348)(https://secure2.wostatic.cn/static/gcwN5a88vSNdn6iVtspXze/image.png?auth_key=1677419469-n784MGN4vz6nGXESpzd4Vs-0-75b27523cf4dbcf51c0116f2567b5830)]

omp_threads=3就是说执行了3个并行程序，pthreads=7表示每个子程序各使用7个线程。

设置OpenMP并行程序数目的代码写在了minimap2.h文件的第49行，如下所示，这在软件编译结束后就已经固定了（hard coding），无法被用户修改，如果要修改只能修改源代码并重新编译

#define OMP_PER_READ_THREADS 3

由于并行程序数目不可更改，为了绕开这个问题，可以采取一个计算，比如预计给程序共分配12个线程，由于内部并行了三个程序，那么-t参数可以指定为4个线程，一个简单的计算代码如下

total_threads=12
pthreads=`expr $total_threads/ 3`
winnowmap -W repetitive_k15.txt -ax map-pb ref.fa hifi.fq.gz -t $pthreads > output.sam

参考：https://github.com/marbl/Winnowmap/issues/30

注：本博客同步发表于微信公众号“水木的生信与编程世界”，目前正处于起步阶段，文章会不定时更新，如果觉得我的博客对你有帮助欢迎关注我的公众号。