让我看看谁还在用conda？

已于 2024-04-11 13:58:17 修改
阅读量993 收藏 15
点赞数 25
分类专栏： Linux 生信分析经验总结 文章标签： conda
于 2024-04-11 10:50:15 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44843824/article/details/137630530
版权

目录

前言

相信大家在用conda的时候都遇到过各种各样的问题吧，比如创建环境非常缓慢、安装软件并解析依赖的速度非常感人等，有时候等待半小时甚至更久最后还不一定能安装成功。

除此之外，conda本身包含的软件比较多，文件数目和空间占用较大，即使是miniconda也存在同样的问题。

为了解决这些问题，Wolf Vollprecht开发了mamba（其推出mamba的blog：https://medium.com/@QuantStack/open-software-packaging-for-science-61cecee7fc23），并将其称为conda的”drop-in replacement”，浅浅翻译为即时替代产品或者普适性替代产品，总之就是用来替换conda的，各方面都比conda要好。

下载方式

安装mamba的方式见：https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation/mamba-installation.html

该教程推荐安装miniforge3，因为miniforge3包含了conda和mamba，并且使用conda-forge作为默认channel。

miniforge的官网：https://github.com/conda-forge/miniforge

点击该网站，往下滑找到Download，并选择适合自己操作系统的链接：
在这里插入图片描述

比如我的系统是x86，那么就下载x86对应的那个脚本，下载命令如下：

wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh

注意：由于该软件是存放在github上的，可能需要使用魔法才可以下载。

下载完成以后就准备安装！

安装命令

安装命令很简单（和conda类似），直接通过bash运行刚刚下载的脚步即可：

bash Miniforge3-Linux-x86_64.sh

接下来会出现一些信息说明安装的步骤，通常来说只需要一直按回车即可，这样该软件就会安装到用户的主目录（home）下面。

下面是详细的安装记录：

  • 在这一步直接按回车

    在这里插入图片描述

  • 在这一步输入yes

    在这里插入图片描述

  • 这一步不需要修改，它会将miniforge安装到主目录下，如果想安装到别的目录，则需要输入目录全称

    在这里插入图片描述

  • 最后输入Yes来激活conda环境。

    在这里插入图片描述

使用方式及小技巧

安装完miniforge3退出当前shell，再打开一个新的shell（这一步的目的是激活miniforge3），然后输入conda或mamba，就会出现它们的帮助文档，如下：

$ conda
usage: conda [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

options:
  -h, --help          Show this help message and exit.
  -v, --verbose       Can be used multiple times. Once for detailed output, twice for INFO logging, thrice for DEBUG logging, four times for TRACE logging.
  --no-plugins        Disable all plugins that are not built into conda.
  -V, --version       Show the conda version number and exit.

commands:
  The following built-in and plugins subcommands are available.

  COMMAND
    activate          Activate a conda environment.
    clean             Remove unused packages and caches.
    compare           Compare packages between conda environments.
    config            Modify configuration values in .condarc.
    create            Create a new conda environment from a list of specified packages.
    deactivate        Deactivate the current active conda environment.
    doctor            Display a health report for your environment.
    export            Export a given environment
    info              Display information about current conda install.
    init              Initialize conda for shell interaction.
    install           Install a list of packages into a specified conda environment.
    list              List installed packages in a conda environment.
    notices           Retrieve latest channel notifications.
    package           Create low-level conda packages. (EXPERIMENTAL)
    remove (uninstall)
                      Remove a list of packages from a specified conda environment.
    rename            Rename an existing environment.
    repoquery         Advanced search for repodata.
    run               Run an executable in a conda environment.
    search            Search for packages and display associated information using the MatchSpec format.
    update (upgrade)  Update conda packages to the latest compatible version.

$ mamba
usage: mamba [-h] [-v] [--no-plugins] [-V] COMMAND ...

conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.

options:
  -h, --help          Show this help message and exit.
  -v, --verbose       Can be used multiple times. Once for detailed output, twice for INFO logging, thrice for DEBUG logging, four times for TRACE logging.
  --no-plugins        Disable all plugins that are not built into conda.
  -V, --version       Show the conda version number and exit.

commands:
  The following built-in and plugins subcommands are available.

  COMMAND
    activate          Activate a conda environment.
    clean             Remove unused packages and caches.
    compare           Compare packages between conda environments.
    config            Modify configuration values in .condarc.
    create            Create a new conda environment from a list of specified packages.
    deactivate        Deactivate the current active conda environment.
    doctor            Display a health report for your environment.
    export            Export a given environment
    info              Display information about current conda install.
    init              Initialize conda for shell interaction.
    install           Install a list of packages into a specified conda environment.
    list              List installed packages in a conda environment.
    notices           Retrieve latest channel notifications.
    package           Create low-level conda packages. (EXPERIMENTAL)
    remove (uninstall)
                      Remove a list of packages from a specified conda environment.
    rename            Rename an existing environment.
    repoquery         Advanced search for repodata.
    repoquery         Query repositories using mamba.
    run               Run an executable in a conda environment.
    search            Search for packages and display associated information using the MatchSpec format.
    update (upgrade)  Update conda packages to the latest compatible version.

一些常用的命令

  • 查看所有的环境：mamba info -e
  • 创建新环境：mamba create -n env-name ，其中env-name是新的环境名
  • 激活环境：mamba activate env-name ，其中env-name是新的环境名
  • 安装软件：这里以安装R为例，命令为：mamba install conda-forge::r-base ，即后面接对应的软件名即可

安装软件小技巧

想要知道某个软件是否可以用conda安装，可以在搜索引擎搜索”软件名 conda”，然后点击Anaconda.org网站的那个结果，进去以后就会显示安装该软件的命令。

比如我想安装R，那么去Bing搜索，结果如下：
在这里插入图片描述

通常来说第一个结果就是Anaconda的官网，点击进去以后可以发现安装命令有很多：
在这里插入图片描述

选择第一条即可，并将conda换成mamba。

如果搜索软件名+conda时搜不到Anaconda官网的结果，则说明Anaconda官网并未收录该软件，那么则无法通过conda或mamba安装。

一些关于conda环境的建议

生信分析通常需要用到很多软件，也会有很多流程，比如RNA-seq、ChIP-seq、GWAS、variant calling等流程，那么大部分情况下都需要建立多个conda环境，因为不同流程用到的软件可能并不兼容。

如果每个流程都建立一个单独的环境的话，就会面临一个问题，即不同的流程用到了相同的软件，这样许多流程中的软件就会存在冗余，而每个环境所占的空间以及文件数目会很多（文件数目在几万左右），从而导致性能下降或者服务器存储告急。

因为建议严格控制conda环境的数目，并且不要根据流程建立环境，而是根据软件名或编程语言名称来建立。

举例来说，生信分析大多数都需要用到R语言和python语言，那么就可以建立一个R环境，并加上版本号，例如r4.3，该环境仅安装r 4.3版本以及相应的R包；用到python包时可以建立一个py3.10环境，其中安装3.10版本的python；有些软件可能依赖python 2.7，那么可以建立一个py2.7环境。

这样做的好处是可以保证软件之间的独立性，并且会最大程度降低软件的冗余。

下面是我目前的环境：

$ mamba info -e

          mamba version : 1.5.8
# conda environments:
#
base                     /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3
gcc                      /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/gcc
py2.7                    /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py2.7
py3.10                   /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py3.10
r4.3                     /public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/r4.3

其中gcc环境是因为有些C++软件安装时需要高版本的gcc，而服务器自带的gcc版本较低，便单独建立了gcc环境。

有的流程可能既需要用python又需要用R，那么可以在不同的环境之间切换，只需要将该环境的bin路径加入到环境变量PATH中即可。

当我需要使用py3.10环境中的软件时，便可以运行下面命令：

export PATH=/public/home/fan_lab/wangjie/miniforge3/envs/py3.10/bin/:$PATH

最后

本文同步发表于微信公众号：水木的生信与编程世界，如果觉得本文对您有帮助欢迎关注公众号，我会持续分享更多关于生信的分析经验和实用技巧。
在这里插入图片描述

水木的编程那些事儿
关注
  • 25
    点赞
  • 踩
  • 15
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
如何激活conda环境？conda创建新环境步骤教程
技术专家
02-21 5万+
如何激活conda环境？针对这个问题，本教程将手把手按照创建、激活、查看活跃的环境三个步骤教大家conda创建新环境。 如何激活conda环境 步骤一：创建 conda create --name yourEnv python=2.7 –name：也可以缩写为 【-n】，【yourEnv】是新创建的虚拟环境的名字，创建完，可以装anaconda的目录下找到envs/yourEnv 目录 python=2.7：是python的版本号。也可以指定为【python=3.6】，若未指定，默认为是装anaconda
conda-forge.github.io:conda-forge网站
03-20
是conda-forge文档源代码的所在地。 为与conda-forge相关的问题以及不是特定于单个原料的提供了。 如果您有任何疑问或需要帮助，请查看我们的文档以获取。 构建文档 该文档基于GitHub Actions构建，并运行.ci_...
Annaconda的替代品miniforge！
hjxu2016的博客
04-02 4568
用了多年的Annaconda竟然要收费了（个人不收费，企业收费，但个人电脑在企业IP下，还是被警告了），只能用miniforge 全面替换了！
Anaconda要收费了，只好改用Miniforge
cuiyuan605的专栏
03-15 2745
Anaconda不让商用，只好改用Miniforge
Jetson TX2+ miniforge+pytorch+pycharm安装
JSSQSC的博客
07-28 3649
JetsonTX2+miniforge+pytorch+pycharm安装 第一次使用jetson，安装环境都是泪，搞了快两天。大家觉得有用的话，可以点个赞 ，收藏下！ Jetson TX2+ miniforge+pytorch+pycharm安装JetsonTX2+miniforge+pytorch+pycharm安装1、miniforge 安装2、虚拟环境创建，jetson版本查询3、jetsonTX2镜像源更换4、pytorch安装5、pycharm 安装6、参考博文： 1、miniforge 安装
「详解」conda 安装与使用
热门推荐
绿色羽毛
07-08 9万+
conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理软件，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。conda 是为Python程序创建的，类似于 Linux、MacOS、Windows，也可以打包和分发其他软件。
anaconda下载遇到坑？没有conda.exe文件？conda不是内部命令？看看我的教程吧
no_needle的博客
02-12 1万+
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
conda怎么使用清华源？设置channel镜像详解
爱编程的鱼的博客
06-17 1562
今天在下载OpenCV的时候发现清华的conda channel镜像已经不能用了，故在此记录：1）如何显示所有channel；2）如何更换channel。
【Conda】超详细的linux-conda环境安装教程
Alex的博客
01-24 3万+
Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统和环境管理系统。可以快速安装、运行和更新软件包及其依赖项。可以轻松地在本地计算机上的环境中创建，保存，加载和切换。它是为Python程序创建的，但可以打包和分发适用于任何语言的软件。目前conda的发行版本分为anaconda、miniconda两种，安装了ananconda或miniconda的完整版，就默认安装了conda。anaconda会包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版，两者安装均可。
windows上使用conda
weixin_73330544的博客
03-20 3618
windows上使用conda
在jupyter notebook 添加 conda 环境的操作详解
09-17
主要介绍了在jupyter notebook 添加 conda 环境的操作详解，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
如何安装并使用conda指令管理python环境
09-19
首先，让我们来看看如何安装Anaconda，它是包含conda的完整Python发行版。在Anaconda的官方网站上可以找到适用于Linux、Mac OS和Windows的下载链接。安装过程中，有两个主要版本可供选择，分别对应Python 2.7和...
基于anaconda下强大的conda命令介绍
09-20
今天小编就为大家分享一篇基于anaconda下强大的conda命令介绍，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
conda-master，Anaconda安装包
11-09
**conda大师：Anaconda安装包详解** 在编程和数据分析领域，有效的环境管理和包管理是至关重要的。...在使用`conda-master`这样的安装包时，确保按照官方文档或教程进行操作，以便充分利用其提供的全部功能。
精准打击：Conda中conda remove命令的高效使用指南
2401_85743969的博客
07-16 717
命令用于从当前Conda环境中移除一个或多个包。这个命令不仅可以移除包本身，还可以选择性地移除与该包相关的依赖项和环境。命令是Conda中一个非常有用的工具，它提供了灵活的方式来移除环境中的包。通过本文的详细介绍，你应该已经了解了如何使用命令来管理你的Conda环境。希望本文能够帮助你更有效地管理你的Python项目依赖，确保开发环境的整洁和一致性。以上就是关于如何在Conda中使用命令移除特定包的详细介绍。如果你有任何疑问或需要进一步的指导，请随时与我们联系。
告别自动激活：掌握如何在Conda中禁用Base环境
最新发布
2401_85439108的博客
07-16 973
Conda是一个开源的包管理器和环境管理器，广泛用于Python和其他语言的科学计算。它允许用户安装软件包、管理依赖关系，并创建独立的环境来隔离不同项目的依赖。
掌握Conda配置：如何禁用Base环境的自动激活
2401_85339615的博客
07-16 734
Conda是一个流行的包管理器和环境管理器，广泛用于Python编程和科学计算。它允许用户创建隔离的环境，每个环境可以拥有自己的一套库和依赖，从而避免不同项目间的依赖冲突。默认情况下，Conda会在启动新的终端会话时自动激活其基础环境（base）。然而，在某些情况下，我们可能希望禁用这一行为。本文将详细解释如何在Conda中使用命令来禁用base环境的自动激活，并提供相应的代码示例。
Conda的冲突解决艺术：在包依赖中寻找和谐
2401_85760095的博客
07-16 719
在使用Conda管理Python包时，可能会遇到不同包要求不同版本的依赖，而这些依赖之间可能存在不兼容的情况，这就是所谓的包依赖冲突。如果需要的包不在Conda通道中，可以使用Conda的包依赖冲突可能令人头疼，但通过本文介绍的策略，你可以有效地解决这些问题。记住，保持Conda和包的最新状态，合理使用虚拟环境和通道，以及在必要时使用pip作为后备，都是解决依赖冲突的有效方法。希望本文能够帮助你在Conda中更高效地管理包依赖，让你的开发之路更加顺畅。
conda看现在在哪个环境
07-28
要查看当前所处的conda环境，可以在命令行中输入"conda info --envs"命令。这将列出所有已创建的conda环境，并在当前环境的名称前面添加一个星号。所以，当前所处的环境就是带有星号的环境。 #### 引用[.reference_title] - *1* [conda环境常用命令](https://blog.csdn.net/qq_29684215/article/details/125878733)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [conda 导出环境/导入环境/导出base环境以及踩坑](https://blog.csdn.net/aaatomaaa/article/details/127231941)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值