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RSS订阅原创 博士生健身总结：10.1-10.31
总的来说，10月份的锻炼次数还是比较少，并且也没有系统的计划，因此11月份的目标是增加锻炼次数，并且针对不同的部位制定一个锻炼计划，例如三分化等。
2024-11-06 10:40:49
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原创 shell编程小技巧3：使用一行代码对多个变量赋值
本文介绍了两种方式来使用一行shell方式1：采用进程替换和read命令，方式2：采用和read命令，本文参考链接：https://www.baeldung.com/linux/bash-multiple-variable-assignment。
2024-11-02 13:10:29
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原创 读《认知觉醒》：浅谈费曼技巧
本文同步发表于微信公众号：水木的生信与编程世界，如果觉得本文对您有帮助欢迎关注公众号，我会持续分享更多关于生信的分析经验和实用技巧。
2024-10-26 20:18:08
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原创 shell编程小技巧2：将多行命令输出到一个文件中
这里的括号表示shell的命令组，shell在遇到括号时会新创建一个子shell来执行其中的命令，当执行结束后子shell将被销毁，而其中定义的变量也将会消失，因此最好不要在子shell定义变量。这样的写法存在一个潜在的问题，即不够美观，并且当运行的命令较多时容易产生混乱，若第一行后面的命令不小心用了。当将多个命令的结果输出到同一个文件中的时候，第一个命令会使用。符号，那么会使得之前命令的输出全部丢失！会覆盖掉文件原有的内容，从而创建一个新的文件，而。符号，而后面的命令必须使用。
2024-10-26 10:13:20
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原创 生信经验分享：高效率并行执行任务
在使用paralleltask进行并行执行任务时，需要控制总的任务数目不要太大（增加参数lines的大小），否则会有很大的开销都用来新建目录和分配任务，从而造成不必要的浪费。本文同步发表于微信公众号：水木的生信与编程世界，如果觉得本文对您有帮助欢迎关注公众号，我会持续分享更多关于生信的分析经验和实用技巧。
2024-10-15 09:00:00
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原创 Windows11不显示WiFi图标
目录问题描述解决方案1. 网上的方法（并不可行）2. 询问联想客服打开网络适配器的方法1. 方法1-通过我的电脑2. 方法2-Win+X命令问题描述电脑启动以后突然遇到下面的情况，WiFi图标不见了，也连不上网，经过搜索，发现是驱动程序的问题，找到网络适配器发现wifi那里出现了感叹号，如下图：可以看到MediaTek Wi-Fi 6 MT7921 Wireless LAN Card这个驱动出现了感叹号，说明它出了问题。解决方案1. 网上的方法（并不可行）参考：适配器遇到与驱动程序或硬件
2022-02-27 13:11:18
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原创 R语言-制作motif的PWM
目录一、PWM与PFM的介绍二、根据碱基序列手工制作PFM与PPM1. 主要实现函数2. 实现效果2.1 制作DNA的motif logo2.2 制作RNA的motif logo三、PFM-\>PPM-\>PWM四、待优化一、PWM与PFM的介绍motif指的是转录因子偏好结合的DNA序列模式或RNA结合蛋白偏好结合的序列模式，一般使用PWM来表示motif。制作PWM的过程如下：首先计算所有序列每个位置的碱基频数，可以得到PFM(Position FrequencyMatrix)，
2022-02-17 09:29:53
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原创 ggplot2-绘图-箱线图
目录前面的啰嗦绘图数据说明基本箱线图分组箱线图美化分组箱线图箱线图完整版代码基本箱线图的完整代码分组箱线图的完整代码前面的啰嗦本教程对绘图所需数据和绘图过程进行了一步步的解释，稍显啰嗦，没时间细看或不想一步步看的朋友可以直接点击目录最后一节:箱线图完整版代码绘图数据说明用到的数据是mpg数据集，这是ggplot2包自带的数据集，可以使用以下代码查看该数据集的基本情况：library(ggplot2)?mpg # 或者help(mpg)从帮助文档中可以看出这是一个234x11的数据框，它记录
2022-01-28 22:44:59
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原创 从Docker镜像创建Singularity镜像（SIF文件）
Singularity可以方便地处理Docker镜像，以下是三种方式：方式1：从docker uri开始参考：https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/singularity_and_docker.html#remotely-hosted-images有以下两个命令可用：singularity pull docker://godlovedc/lolcow # 下载pre-built imagesingularity build mylolcow_latest.
2021-08-15 16:56:05
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原创 Windows路径转成Linux子系统的路径
需求说明自己用的是windows电脑，也开启了windows下面的linux子系统，有时候需要在linux子系统里面操作一些文件，而这些文件的路径是windows形式，windows路径是使用的反斜杠符号\，而linux则使用的是斜杠/，在路径特别长的时候一个个的去修改这两个符号会很麻烦；另一方面，在linux子系统里面，windows下面的CDE盘是挂载在/mnt盘下面的，如下图所示：这里的cde分别对应于windows里的CDE盘，举个例子，在windows里面的目录是C:\Users\asus
2021-07-16 09:56:36
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原创 每周学习ggplot2（一）：绘制柱状图与散点图
目录前言习题Problem 2习题描述习题里的图我画的图我的绘图代码前言偶然看到了这个链接里有几张图可以用来练习ggplot2，就试着写了一下代码，这里记录一些我认为有些难度的图与代码。习题Problem 2习题描述Using the mpg dataset in the ggplot2 package, replicate the plot below using the following settings:Set alpha = 0.5 for the width of barsUse
2021-05-02 19:18:52
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原创 PFM，PPM，PWM解释
PFM全称是Position Frequency Matrix，用以代表motif的碱基分布频数，即某个位置四种碱基出现的次数，例子： A C G T0 8 52 23 151 7 7 2 832 16 21 0 613 73 9 8 84 17 36 28 175 49 7 18 24PPM全称是Position Probability Matrix，是在PFM基础上计算了每个位置四种碱基的出现频率
2021-04-28 11:30:37
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原创 matplotlib.pyplot绘图笔记
绘图基础建议使用ax来绘图，生成一张图的示例代码：# 方式1：f, ax = plt.subplots()# 方式2：f = plt.figure()ax = f.add_subplot()生成两幅子图的示例代码，排列方式为一行两列：# 方式1fig, axes=plt.subplots(nrows=1, ncols=2) # 有两幅子图，排列方式为一行两列axes是一个ndarrayax1, ax2 = axes# 方式2fig = plt.figure()ax1 = f
2021-04-25 19:14:40
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原创 Codewars笔记
这里写自定义目录标题寻找分解质因数(5kyu)问题描述：我的解决代码寻找分解质因数(5kyu)问题描述：Given a positive number n > 1 find the prime factor decomposition of n. The result will be a string with the following form ；“(p1**n1)(p2**n2)…(pk**nk)”Example: n = 86240 should return “(2**5)(5)(
2021-04-25 16:00:52
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原创 R语言安装packages时的报错记录
前言在R里面安装R包时总会遇到这样那样的报错，非常烦人，为了避免以后少踩坑，我决定在遇到报错后及时将报错信息与解决办法记录下来，积少成多，希望自己解决bug的能力越来越强，也希望能让大家少走弯路。报错1：Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD else character() : argument is of length zero报错信息解读：Error in if (nzchar(SHLIB_LIBADD)) SHLIB_LIBADD els
2021-04-20 20:14:40
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原创 Linux笔记
计算字符串的长度方法1：使用expr length代码如下：aa="hello"ll=`expr length $aa` echo $ll # 5expr是在shell中进行表达式求值与字符串操作的命令，值得学习。方法2：在${}中使用#代码：aa="hello"ll=${#aa}echo $ll # 5...
2021-04-19 21:56:58
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转载 excel快速选择多行数据
转载自简书Excel 中如何快速选中 1 万行数据？1 SHIFT 键结合滚动条我们知道，鼠标拖拽滚动条可以快速跨越很大的行数。另外，使用 SHIFT 键可以快速选中第一个单元格和末尾单元格之间的区域。因此，可以结合这两者达到快速选多行数的区域。步骤如下：鼠标点击要选中的区域的左上角第一个单元格。鼠标拖拽滚动条，找到要选中的区域的最后一行。按住 SHIFT 键，鼠标点击要选中的区域的右下角最后一个单元格，完成选中。2 CTRL + SHIFT + 方向键这是速度极快的快捷键，
2021-03-24 16:27:45
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原创 np.apply_along_axis函数用法
这个函数的各个参数的含义请大家自行查阅了解，这里只记录一下参数axis的作用。首先定义一个函数来打印数组的shape与内容，然后生成一个4x3的数组array：def print_a(array): print("shape: %s, array is \n%s"%(array.shape, array))array=np.array([[2,3,4],[3,4,5],[6,7,8],[7,8,9]])对这个数组调用np.apply_along_axis函数，看该函数会对数组产生什么作用
2021-03-11 15:03:38
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原创 由tsv表格制作markdown表格
庙号姓名年号与在位起止时间在位时间（年）主要事迹太祖朱元璋洪武（1368年——1398年）31明惠帝朱允炆建文（1399年——1402年）4先用\n切分得到每一行，对于每一行，用\t切分，\t可以换成其他的；对于每一行切分后的每一个元素，在其左边加上|，然后用空格将这一行连接起来，再在最右边加上|；计算表格的列数，记为cols，然后在表头下面加上cols个对齐符号，对齐符号最后面加上一个|；将上面的字符串用换行符连接起来即可。居中： | -----左...
2021-02-06 10:15:31
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原创 《小强升职记》笔记
以下笔记按照每一节来记录目录如何记录和分析时间日志1、时间的使用方式分为主动运用时间和被动运用时间两种，2、要点记录传说中的“四象限法则”1、猴子法则2、第二象限工作法：如何记录和分析时间日志1、时间的使用方式分为主动运用时间和被动运用时间两种，主动运用时间：即在做事之前有预期，并且努力追求预期的结果被动运用时间：没有目的地做事，如何做到主动运用时间？1．每隔一个小时写出下一个小时计划做的事情。2．一个小时结束之后记录下结果。3．坚持一整天2、要点记录在每天下午或者晚上列出手头各
2021-02-01 10:23:14
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原创 Cell综述：人类转录因子（The Human Transcription Factors）
以下内容是关于文献《The Human Transcription Factors》的笔记。
2021-01-30 09:36:48
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原创 一些正能量的句子
自我提升一个情商高的人不仅仅是能言善道，它更表现在能够即时觉察自己的负面情绪并且做好情绪管理。如果你不再恐惧，你会做什么？每个优秀的人都有一段沉默的时光。那段时光，是付出了很多努力却得不到结果的日子，我们把它叫做扎根。做事情不要过多的关注结果，而要专注于过程。很多时候事情并不是线性发展，而是指数发展。计划中间的某一项中断，不是失败的表现，只要还在坚持，收获就在。人前不应该说的话，背后也别说。在最愤怒时忍住最伤人对方的那句话。刻薄嘴欠和幽默是两回事；口无遮拦和坦
2021-01-25 23:11:14
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原创 Java第10章作业：集合框架
Java集合框架的整体概览图:如下（摘自w3school Java集合框架）上图中，Map、Collection和Iterator是三个接口，List和Set是Collection接口的子接口，ArrayList和LinkedList是实现了List的类，HashSet和TreeSet是实现了Set接口的类，HashMap和TreeMap是实现了Map接口的类。Collection接口的常用方法：方法描述boolean add(Object c)向集合类中添加一个新元素，返回
2021-01-09 21:38:25
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原创 Java第一次实验总结
第一次实验是让我们将一个银行管理系统的C++改写成Java代码，这里说一下自己在改写过程中的体会。C++与Java的区别1. C++中方法声明可以和实现分离在C++中可以将类定义和方法的声明放在一个头文件中（.h文件），然后将方法的实现体放在与头文件同名的源文件中（.cpp文件），但在Java中则必须将方法声明与实现写在一起，2. Java中抽象方法与C++的纯虚函数相对应Java中用abstract修饰的方法称为抽象方法，含有抽象方法的类称为抽象类，抽象方法只能有声明，不能有实现，其具体的实现要
2021-01-09 14:38:09
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原创 PRESTO的安装
本次安装参考如下链接，因为该教程是17年写的，作者主要用的是python2.7，当时的presto版本是2，现在最新的presto版本是3，因此在此记录一下我安装presto3的过程，希望能对其他人有一些帮助。CentOS 7 安装天文学工具presto首先安装presto的依赖库下面代码中/home/team1是我的主目录，大家换成自己的主目录就行了，/home/team1/Programs/是我安装各种程序的路径，大家可以换成自己的。安装FFTW3.X（这个还算简单）FFTW3.X官方网站
2021-01-01 19:15:17
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原创 Java实验：解决System.in关闭后无法再继续使用流的问题
问题简述当使用BufferedReader从键盘读入数据时，若调用了close方法，再次使用BufferedReader从键盘读入数据的话便会报java.io.IOException: Stream closed异常，产生此异常的代码见文末介绍。问题分析在Java IO体系中，若关闭了最外层包装流，那么内层被包装的流也会被关闭，比如使用BufferedReader从键盘读入，代码为：BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamR
2020-12-27 12:29:54
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原创 Java第14章作业：I/0输入输出
本章主要内容流的分类字节流与字符流流的装配与串行化文件操作第一题：Java中流的分类有哪些？Java中流的分类有3种，分别可以按照读取类型、流动方向与流的源头来分类。按读取类型分类，可以分为字节流与字符流字节流：字节流以字节（byte）作为处理单位，一次仅读入或输出一个字节；在Java中，字节流是由InputStream与OutputStream两个抽象类所衍生的一系列子类所组成的；字符流：与字节流不同，字符流以字符作为处理单位；在Java中，字符流是由Reader与Writer两个
2020-12-08 11:59:17
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原创 Python绘制神经网络中常见激活函数的图形
前言需要绘制的激活函数有sigmoid，tanh，ReLU，softplus，swish共5个函数。各个函数的公式sigmoid：tanh：ReLU：softplus：swish：其中 ????(⋅) 为 Logistic 函数， β为可学习的参数或一个固定超参数上面5个激活函数对应的代码公式如下：def sigmoid(x): return 1 / (1 + np.exp(-x))def tanh(x): return (np.exp(x) - np.ex
2020-12-08 08:56:51
3215
空空如也
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