本文介绍如何从构建模型到模拟有机物(以葡萄糖分子为例)在高温下裂解过程和最终产物。
有如下步骤:
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初始化结构;
1.1 建模
input一个葡萄糖分子(图1),然后module AC caculation,我这里写500个分子(如图2),run之后得到图3.
(备注: energy 是选择力场,后期用反应力场,这里现在通用力场就可以,如图4);
2.2结构优化
选择modules-Forcite,设置迭代次数,优化如图5。(备注:建议这里迭代次数写多点,不然后面做计算有可能原子丢失)
做完结构优化后,得到.Car和.mdf格式文件,转成.data文件。
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写in文件(当然,提前要准备写好力场文件)
部分in文件如下(我是用notepad++编写的)
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#REAX potential for tyre pyrolysis g2#
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#Initialization
units real
dimension 3
boundary p p p
atom_style charge
read_data g2.data
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# Equilibration Stage
timestep 0.1
dump 1 all custom 1000 dump-eq.dsw id type q x y z
dump_modify 1 sort id
dump 2 all xyz 1000 dump-eq.xyz
dump_modify 2 sort id
fix 2 all nvt temp 300 300 10.0
fix 3 all reax/c/bonds 1000 Tire-eq.bonds.connect
fix 4 all reax/c/species 1 1 1000 species-eq.txt element O C H
run 6000
undump 1
undump 2
unfix 2
unfix 3
unfix 4
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# Pyrolysis Stage
reset_timestep 0
timestep 0.25
dump 1 all custom 4000 dump.dsw id type q x y z #轨迹文件放进ovito
dump_modify 1 sort id
dump 2 all xyz 4000 dump.xyz
dump_modify 2 sort id
fix 2 all nvt temp 2000 2000 100.0 #2000K温度下裂解
fix 3 all reax/c/bonds 4000 Tire.bonds.connect
fix 4 all reax/c/species 1 1 4000 species.txt element O C H run 100000
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运行(建议装lammps后, 安装一下Git软件,在Git bush here很好用哦)
直接输入这行in文件命令“ lmp -in in.xx.lmp” 回车,得到如下图6:
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数据输出
运行完成后,会生成dump.xx文件,用OVito可以做动画图(截图如下),也会得到裂解产物。
以上,就是我今天分享。
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