简介
采用MAPS-LAMMPS在恒容恒温条件下进行反应力场分子动力学模拟。重复文献 Chenoweth et al., J. Phys. Chem. A, Vol. 112, No. 5, 2008描述的丙烯氧化分子动力学模拟。
创建模型
首先新建一个项目(Project)和新模型(CTRL+N)。项目重命名为reaxff_models,模型重命名为oxygen。然后在reaxff_models项目下创建另一个新模型(在项目管理栏中选中项目,按下insert键),重命名为propene。
画出丙烯及氧分子/接下来给系统设成Dreiding力场/创建燃烧系统的初始构型(100个氧分子+1个丙烯分子,密度为0.34g/cm3),命名为propene_oxidation。
LAMMPS计算
在Project manager栏里选中 propene_oxidation模型,点击右键选择 Simulate with -> LAMMPS,LAMMPS内导程序会出现,设置计算参数。
结果分析
模拟计算需要几个小时。在MAPS中加载模拟输出文件,检查轨迹。系统没有显示键存在,经常使用CPK显示方式,将所有原子收进晶包内。在最终的构型中,您可以看到丙烯分子被部分分解,使用更长的模