10. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1

已于 2024-06-12 21:30:29 修改
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分类专栏： ReaxFF MD 文章标签： ReaxFF MD 分子动力学模拟
于 2024-05-22 21:36:50 首次发布
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MS(Material Studio)

  Materials Studio(MS)是Accelrys公司开发的一款专注材料科学相关研究领域的模拟软件。利用MS可以很方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。

01 MS为ReaxFF建模简介

  Lammps-ReaxFF提供了强大的建模功能，但不提供可视化建模工具，尤其对于初学者十分不友好。而MS提供了强大的可视化建模功能，此外，为让Lammps更好的利用MS提供的建模服务，Lammps提供了msi2lmp工具进行MS模型到Lammps data文件的转换。所以现在很普遍的做法是，利用MS进行建模和基础优化，然后生成data文件以供Lammps读取，继而进行后续模拟。

02 构建（并优化）PE单链

本文仅限于交流学习

1.本系列所有操作基于Material Studio 7.0；
2.本篇文章以PE(2条C150H300链)模型为基础讲解，不涉及太多理论和参数详解；
3.理论和参数详解之后会有专门的文章来讲；
4.本文所有参数仅用于示例演示，无任何引导性。

2.1 构建PE链条

Build->Build Polymers->Homopolymer

Library: Olefins
Repeat unit: ethylene
Chain length: 150 (聚合度，按需填写)
Number of chains: 1

单链如图

2.2 单链结构优化

对于PE结构确定，此步骤是不需要的，需要用到的小伙伴，可参考3.2几何优化

03 构建并优化周期性模拟盒子

3.1 构建周期性盒子

Modules->Amorphous Cell->Calculation

Amorphous Cell Calculation - Setup
Density: 1.0
Molecule: 选择单个模型
Loading：单模型的个数

Amorphous Cell Calculation - Energy
Forcefiled: Dreiding
Electorstatic: Ewald

Amorphous Cell Calculation - Job Control
任务控制相关设置，除非使用服务器，一般默认就好

Congratulation

3.2 几何优化

Modules->Forcite->Calcuation

Forcite Calculation - Setup

Forcite Calculation - Energy

参考3.1 -【Amorphous Cell Calculation - Energy】

Forcite Calculation - Job Control

Congratulation

3.3 模拟退火

Modules->Forcite->Calcuation

参考3.2 -【Modules->Forcite->Calcuation】

Forcite Calculation - Setup
退火参数(下图中步骤4)根据体系填写，其他部分一般如图即可

Forcite Calculation - Energy

参考3.1 -【Forcite Calculation - Energy】

Forcite Calculation - Job Control

参考3.2 -【Forcite Calculation - Job Control】

Congratulation

3.4 动力学平衡

本文示例可不做动力学平衡模拟，因此本小节只是简单描述过程，不感兴趣的朋友可以略过本节

Modules->Forcite->Calcuation

参考3.2 -【Modules->Forcite->Calcuation】

Forcite Calculation - Setup
动力学参数(下图中步骤4)根据体系填写，其他部分一般如图即可

Forcite Calculation - Energy

参考3.1 -【Forcite Calculation - Energy】

Forcite Calculation - Job Control

参考3.2 -【Forcite Calculation - Job Control】

  至此已完成MS建模和模型优化了，下节讲解生成Lammps data文件的方法和步骤。喜欢的朋友别忘了点个关注点个赞哦，拜了个拜~

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码农不会写诗
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上篇利用Material Studio(MS)完成了PE体系（2条C150H300链）的建模和优化平衡（几何优化、模拟退火、动力学平衡）工作，本文借助msi2lmp工具将其转化为Lammps所支持的文件格式。
最新LAMMPS和ReaxFF学习大纲--提升建模技巧和实践能力
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