10. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1

已于 2024-06-12 21:30:29 修改
阅读量3.6k 收藏 47
点赞数 25
分类专栏： ReaxFF MD 文章标签： ReaxFF MD 分子动力学模拟
于 2024-05-22 21:36:50 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46352610/article/details/139128978
版权

来源： “码农不会写诗”公众号
链接：利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1

文章目录

MS(Material Studio)

  Materials Studio(MS)是Accelrys公司开发的一款专注材料科学相关研究领域的模拟软件。利用MS可以很方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。

01 MS为ReaxFF建模简介

  Lammps-ReaxFF提供了强大的建模功能，但不提供可视化建模工具，尤其对于初学者十分不友好。而MS提供了强大的可视化建模功能，此外，为让Lammps更好的利用MS提供的建模服务，Lammps提供了msi2lmp工具进行MS模型到Lammps data文件的转换。所以现在很普遍的做法是，利用MS进行建模和基础优化，然后生成data文件以供Lammps读取，继而进行后续模拟。

02 构建（并优化）PE单链

本文仅限于交流学习

1.本系列所有操作基于Material Studio 7.0；
2.本篇文章以PE(2条C150H300链)模型为基础讲解，不涉及太多理论和参数详解；
3.理论和参数详解之后会有专门的文章来讲；
4.本文所有参数仅用于示例演示࿰

最低0.47元/天 解锁文章
lammps建模_lammps建模专题（2）
weixin_34532234的博客
01-05 2371
结合上期lammps建模专题(1)，我们来举一些实例建模，以帮助大家更好掌握lammps命令建模的方法。实例一：建立一个简单的bcc模型，平移(0.1 0.1 0.1)个晶格，并将z轴定义为[1 1 1]方向所建模型用ovito查看如下：这里有两个事情可以讲一下： 一是单位问题。用了units metal表示长度单位为埃，然后lattice的scale定为3.14之后，后边的长度比如 ...
11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2
m0_46352610的博客
06-12 3522
上篇利用Material Studio(MS)完成了PE体系（2条C150H300链）的建模和优化平衡（几何优化、模拟退火、动力学平衡）工作，本文借助msi2lmp工具将其转化为Lammps所支持的文件格式。
8. 基于Lammps的ReaxFF MD模拟简介
m0_46352610的博客
05-08 3099
ReaxFF MD的学习门槛或许很高，但或许也没那么高；相关内容多的一塌糊涂，但或许你只是缺个领路人；千说万说开头最难，但或许关注本系列就全解决了呢！
lammps学习（三）聚烯烃反应力场(reaxff)热分解
weixin_51982763的博客
10-22 9526
事情是这样的，师妹问了我这样一道期末试题：（封面图）。 我一看，这还不简单，反应力场下升温看下什么时候开始断键不就行了。说干就干，结果就做上头了。
lammps reaxff力场断键分析
weixin_51982763的博客
05-03 4257
事情是这样的。最近照着一个毕业师兄的文章跑了个reaxff的模拟，在分析断键情况时又被lammps反人类的输出给难到了。在网上找了下也没有实现相应功能的脚本，于是乎自己动手丰衣足食，写了段脚本进行分析。
lammps建模
aa74159的博客
05-12 4352
大家都清楚，在用lammps进行模拟计算前，建模这个步骤是必不少的。 总的来讲，我们可以通过两种方法来完成建模操作。一是通过lammps的命令建模；二是通过外部的程序建模，然后用lammps的read_data 命令将模型读入。 lammps命令建模的主要步骤可以描述为： 用units 命令定义单位 lattice 命令定义单胞 region以及create_box命令定义区域和创建盒子 create_atoms 命令创建原子 今天我主要详细讲解lattice命令的语法： lattice style sca
lammps软件_Lammps模型构建的方法之一：组合模型构建
weixin_39663378的博客
11-22 2623
对于Lammps初学者，建模的方法主要有以下几种：1、在Lammps中自行建模，适合金属等简单的模型，如果遇到聚合物就比较麻烦了；2、通过第三方软件建模，例如：Matlab、Python、VMD、Material Studio(MS)等软件，建完模型转换成data文件导入到Lammps中。今天本文主要是介绍在MS中建聚合物，以12烷为例，导入到Lammps中，再在Lammps中建立金属...
LAMMPS常用建模方法总结.rar_lammps_lammps 建模_lammps如何建模_lammps建模_lammps怎么
09-23
4. **数据转换**：将预处理后的模型转换为LAMMPS可读的数据文件，如使用`lammps-data`脚本或第三方工具如`moltemplate`。 5. **导入LAMMPS**：使用`read_data`命令将外部创建的模型导入LAMMPS，然后设置相关参数...
LAMMPS及ReaxFF反应力场、机器学习、电化学.pdf
04-25
它以其高效快速的计算能力，为用户提供了自定义功能，既能利用内置命令进行模拟，也可进行二次开发以满足特定需求。 ReaxFF（ Reactive Force Field）是一种先进的分子力场，特别适用于模拟化学反应过程。与传统...
最新LAMMPS和ReaxFF学习大纲--提升建模技巧和实践能力
wang86zzz的博客
03-21 1150
分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程等学科领域。计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，常用于模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综，也可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。 只需要四天，快速从小白变成“大神”。学习是采用“2+2”教学体系，分两阶段小班授课，对知识进行由浅
lammps-reaxff-机器学习-电化学.pdf
07-05
线上直播、无限回放、班级群长期答疑、提前赠送预习视频 【lammps】：周五开课 石墨烯、金属材料模拟、纳米流体模拟分析；热传导模拟计算；金属、合金、高熵合金及材料切削模拟；离子辐照损伤模拟；MOFs材料建模分析；分子筛膜材料气体分离模拟分析。 【ReaxFF反应力场】 力场验证、力场开发、命令解读、程序获取与选择、结果计算与可视化；Lammps-ReaxFF燃烧过程模拟和分析、化学摩擦过程（CMP）过程模拟与结果分析、溶液中的质子转移、碳化硅表面石墨烯的生长 【comsol电化学】 燃料电池、多孔电极、尘气输运、纽扣电池、直接碳燃料电池模型（传质-导电-电化学-热多场耦合）以及应力分析 锂电池活化极化方法以及电化学-热耦合的方法。锂金属沉积 【机器学习材料性能预测与材料基因工程应用实战】 深度学习神经网络、经典机器学习模型、材料基因工程入门与实战、图神经网络与实践、机器学习+Science 案例：催化、钙钛矿、太阳能电池、团簇、同素异形体、材料指纹、描述符、无机材料、量子点发光材料、半导体材料、二维材料） https://mp.weixin.qq.com/s/0Xq-zHBeFqTa
lammps_education_reaxff_win
02-27
lammps_education_reaxff_win Lammps ZTC用于教育（Windows 10（64位）） ■小羊 □羔羊のインストール のHPで“自己的下载区”と“ 64bit”をクリックする（LAMMPS Binaries仓库：./ admin / 64bit） LAMMPS-64bit-18Jun2019.exeをダウンロードして解冻する でフォルトの设定のままのまで最后まで进めばよい以上で小羊のダウンロードと设定は完了です※配布元のHPが変更を加えるなどして，别のバージョンのlam小lam使を必要になった场合には，跑步。 batで[“ C：\ Program Files \ LAMMPS 64位18Jun2019 \ bin \ lmp_serial.exe” -in in.lmp]程序文件\ LAMMPS 64位**********]を书き换えるという方法もありま
lammps建模_[转载]建模:MS为lammps建模[转]
weixin_36184718的博客
12-30 2410
不得不承认，lammps以及很多其他开源的模拟软件在易用性上做得远不如商业模拟软件。其中最为重要的部分就是modelbuilder和visualizer。即使可以联用一些辅助软件，例如VMD，由于软件间的接口设计或者模拟软件输出格式等问题，也是极为不方便(想必用过VMD显示lammps输出的朋友都有体会吧)。这只是牢骚话，下面转入主题。MS的builder没得说，lammps也有附加工具“msi2...
lammps输出的模型导入MS
weixin_51982763的博客
10-08 4621
对于lammps处理后的结果，有时需要使用material studio进一步处理。这就需要将lammps输出的data格式文件转换为material studio可识别的pbd格式文件。
lammps建模_lammps建模专题（5）
weixin_34193397的博客
01-05 5797
LAMMPS构建晶界模型1. 系统晶体取向我们以构建铝(Al)的sigma3 (112)，方向为X = [111]，Y = [112]，Z= [110]的晶界为例：首先利用lattice orient 命令定义出初始完美晶体的坐标轴取向，再将完美晶体定义为upper和lower两个部分，并将两部分各自沿轴旋转一定的角度(即改变坐标轴取向)，即可得到想要的晶界模型。...
LAMMPS分子动力学模拟技术及应用
wang86zzz的博客
03-17 4261
学习Lammps主要分为几部分 一、MD基础知识 1.1 系综理论 1.2 主要算法介绍 1.3 单位制 1.4 积分步长的选取 1.5 温度和压力控制 1.6 周期性边界条件 1.7 力场简介 1.8分子动力学模拟流程 二、LAMMPS基础入门 2.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用 2.2 in文件结构格式 2.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令 2.4 data文件格式 2.5 LAMMPS常见错误解决途径 实例操作：运行并
lammps建模_lammps建模方法，即生成data文件
weixin_39964819的博客
12-21 4246
本帖最后由 Kangtor 于 2020-7-20 21:22 编辑本文目的：汇总生成lammps data文件的方法，并“持续”对其进行更新解释。本文说明：(1)看完了公社中有着各种零零碎碎的方法，我希望能够将其汇总起来。这样利于本人之后查找学习，并且对公社有益。(2)本人目前刚开始接触这一块(其实只有3.到4天的样子)，还有许多不解之处。也希望各位大佬能够指正，补充，说明(3)本文中 “红色”...
lammps建模_LAMMPS常用建模方法总结
weixin_42498909的博客
02-06 4015
建模是进行材料模拟的第一步，这里对LAMMPS常用的建模方法进行总结(我平时用到的，难免不全面)。概况来说，建模方法有两种：内部建模和外部建模。内部建模内部建模，即使用LAMMPS提供的命令建立模型。这种方法主要用于构建比较简单和标准的体系。相关命令主要有4个：lattice：定义晶格类型；region：定义模拟盒子的大小；create_box：创建模拟盒子；create_atoms：在模拟盒子中...
lammps建模案例分享及详解
最新发布
qq_44963682的博客
07-07 2300
本文介绍了如何使用lammps提供的命令建立简单体系的模型，分享了一些lammps的建模案例。如遇到较复杂的模型，可选用Material Stdiuo等建模软件。
https://github.com/simongravelle/LAMMPS/tree/main/CNTdeformationAIREBO
10-07
https://github.com/simongravelle/LAMMPS/tree/main/CNTdeformationAIREBO 是一个CNT拉伸的lammps案例的链接，由Simon Gravelle编写。您可以在该链接中找到该案例的代码和相关信息。这个案例主要用于模拟碳纳米管的拉伸过程，采用的势函数是AIREBO势函数。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

码农不会写诗

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值