来源: “码农不会写诗”公众号
链接:利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-1
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MS(Material Studio)
Materials Studio(MS)是Accelrys公司开发的一款专注材料科学相关研究领域的模拟软件。利用MS可以很方便地建立三维结构模型,并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。
01 MS为ReaxFF建模简介
Lammps-ReaxFF提供了强大的建模功能,但不提供可视化建模工具,尤其对于初学者十分不友好。而MS提供了强大的可视化建模功能,此外,为让Lammps更好的利用MS提供的建模服务,Lammps提供了msi2lmp工具进行MS模型到Lammps data文件的转换。所以现在很普遍的做法是,利用MS进行建模和基础优化,然后生成data文件以供Lammps读取,继而进行后续模拟。
02 构建(并优化)PE单链
本文仅限于交流学习
1.本系列所有操作基于Material Studio 7.0;
2.本篇文章以PE(2条C150H300链)模型为基础讲解,不涉及太多理论和参数详解;
3.理论和参数详解之后会有专门的文章来讲;
4.本文所有参数仅用于示例演示,无任何引导性。
2.1 构建PE链条
Build->Build Polymers->Homopolymer
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/03f98eb207144aee9fd397b2ed59de2b.png)
Library: Olefins
Repeat unit: ethylene
Chain length: 150 (聚合度,按需填写)
Number of chains: 1
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/ac1c4152bdf646bbad727c9133232835.png)
单链如图
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/35af9236afb84235a681ae81d5737e50.png)
2.2 单链结构优化
对于PE结构确定,此步骤是不需要的,需要用到的小伙伴,可参考3.2几何优化
03 构建并优化周期性模拟盒子
3.1 构建周期性盒子
Modules->Amorphous Cell->Calculation
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/a46472bdcb134fb8a52e326d8e3eec5f.png)
Amorphous Cell Calculation - Setup
Density: 1.0
Molecule: 选择单个模型
Loading:单模型的个数
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/436ab8de053e48f298bf58afdd65e18c.png)
Amorphous Cell Calculation - Energy
Forcefiled: Dreiding
Electorstatic: Ewald
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/2361128cf95f4c52b55e1cfbdb35f92c.png)
Amorphous Cell Calculation - Job Control
任务控制相关设置,除非使用服务器,一般默认就好
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/f2f1e0f9d3284e819697de0d22d4e367.png)
Congratulation
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/ce56b54ae2b84033911f93846e5e705e.png)
3.2 几何优化
Modules->Forcite->Calcuation
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/744f367158db49e9a142e68b6aec7766.png)
Forcite Calculation - Setup
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/000a00e36aca4e5f995a6e13a8f58af1.png)
Forcite Calculation - Energy
参考3.1 -【Amorphous Cell Calculation - Energy】
Forcite Calculation - Job Control
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/261bae95127540c4b1233ce35dec64a1.png)
Congratulation
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/98a36873d94c41d8ae1fb4108b98d237.png)
3.3 模拟退火
Modules->Forcite->Calcuation
参考3.2 -【Modules->Forcite->Calcuation】
Forcite Calculation - Setup
退火参数(下图中步骤4)根据体系填写,其他部分一般如图即可
Forcite Calculation - Energy
参考3.1 -【Forcite Calculation - Energy】
Forcite Calculation - Job Control
参考3.2 -【Forcite Calculation - Job Control】
Congratulation
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/d14b96ecf3b446b68a09bd0afe98d97f.png)
3.4 动力学平衡
本文示例可不做动力学平衡模拟,因此本小节只是简单描述过程,不感兴趣的朋友可以略过本节
Modules->Forcite->Calcuation
参考3.2 -【Modules->Forcite->Calcuation】
Forcite Calculation - Setup
动力学参数(下图中步骤4)根据体系填写,其他部分一般如图即可
![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/bee979a4ca6d4a70a1c8e15016affd5d.png)
Forcite Calculation - Energy
参考3.1 -【Forcite Calculation - Energy】
Forcite Calculation - Job Control
参考3.2 -【Forcite Calculation - Job Control】
至此已完成MS建模和模型优化了,下节讲解生成Lammps data文件的方法和步骤。喜欢的朋友别忘了点个关注点个赞哦,拜了个拜~