基于Gaussian高精度热力学方法计算胺类分子的pKa

关键词：pKa,高精度热力学计算，DFT，Gaussian，量子化学

胺类化合物在化学、药物化学和生物化学中扮演着重要角色，它们不仅广泛应用于药物设计、催化反应、环境污染治理等领域，而且其酸碱性质直接影响分子的溶解度、生物利用度和代谢途径。因此，准确预测胺类分子的 pKa 值，对于理解其酸碱行为和调控其化学反应性具有重要意义。pKa 值反映了分子在水溶液中的酸性或碱性强度，通常通过实验测定，但实验方法常常受到溶剂效应、温度、离子强度等因素的影响，且对于复杂分子的测定具有较大的挑战。因此，基于量子化学计算的理论预测成为了近年来研究的热点之一，尤其是高精度计算方法如Gaussian软件的应用，提供了一种可靠的理论工具。

胺类分子通常包含氮原子，并具有一个或多个可接受氢离子的氨基团。胺类分子的酸碱性质通常表现为其在水溶液中与氢离子（H⁺）的结合或解离过程，即酸碱平衡反应。例如，一级胺（RNH₂）在水中与氢离子反应形成铵离子（RNH₃⁺）。在该过程中，胺类分子通过质子化作用（氢离子结合）表现出碱性。胺类分子的 pKa 值定义为其氨基团解离（或接受氢离子）的酸碱平衡常数。

胺类分子的 pKa 值受到多种因素的影响，包括分子的结构（如取代基、环结构、电子效应等）、溶剂的极性、温度和分子的构象变化等。通常，胺类化合物的 pKa 值范围从 9 到 12 左右，但这一范围会因分子内部的电子效应、氢键作用等因素而有所变化。准确预测这些值不仅有助于理解胺类分子的酸碱性，还能帮助设计更具生物活性的分子或优化分子在水相中的稳定性。

Gaussian 软件是目前最广泛使用的量子化学计算工具之一，它能够通过各种量子化学方法模拟分子的结构、性质以及反应机理。在计算 pKa 值时，Gaussian 软件通过密度泛函理论（DFT）、Hartree-Fock (HF) 方法、多体扰动理论（MP2）以及更高精度的配置交互（CCSD）等方法进行分子结构优化和能量计算。这些方法能够提供准确的电子结构信息，为计算 pKa 值提供理论支持。

使用量子化学方法精确计算胺类小分子的 pKa 值时，存在一些技术和理论上的难点。以下是主要的一些挑战：

1. 溶剂效应的考虑 胺类分子的 pKa 值是溶液中的酸碱平衡常数，因此溶剂效应对 pKa 值的影响非常大。量子化学方法通常是在气相中进行的，而在气相中的计算无法直接反映溶剂效应。因此，需要引入溶剂化模型（如极性溶剂模型、PCM、SMD 等）来估算溶剂效应，但这些模型往往只能近似溶剂环境，而无法完全精确地模拟真实溶剂对酸碱反应的影响。

2. 氢离子的处理 pKa 值的计算本质上是计算氢离子的解离过程。量子化学计算通常要求对氢离子的行为进行精确模拟，尤其是在有机分子中，氢离子的解离常常涉及复杂的相互作用，如氢键、分子间力等。对这些现象的精确建模仍然具有挑战性。

3. 构象依赖性 胺类分子的结构可能会影响其酸碱性质。不同的构象可能导致氢离子的解离能量有所不同，因此需要对分子的多种构象进行计算，并找到最低能量构象。然而，在大分子或复杂溶剂环境中，构象的优化和筛选也非常复杂且计算量大。

4. 电子相关效应 胺类分子的酸碱行为涉及到电子的重新分布和共振效应。量子化学计算中的电子相关效应（如电子交换-关联能量）对精确预测 pKa 值至关重要，但这些效应需要高精度的波函数方法来处理，如多体效应（多体波函数方法）或高阶的密度泛函方法。高精度的计算通常需要较大的计算资源，特别是在计算分子的多体电子效应时。

5. 计算精度和方法的选择 用于量子化学计算的方法（如 DFT、HF、MP2、CCSD 等）各有优缺点。选择合适的计算方法和基组对于得到准确的 pKa 值非常重要。较低级别的方法可能无法捕捉到复杂的电子结构效应，而高精度方法可能会导致计算成本过高，因此需要平衡精度和计算效率。

6. 酸碱反应的平衡 计算 pKa 值要求对酸碱平衡进行全面分析，通常涉及到化学反应的自由能变化，这不仅仅是计算单一反应物和产物的能量差异，还要考虑过渡态的能量和解离过程中的所有中间态。在许多情况下，反应路径的选择和过渡态的确定也增加了计算的复杂度。

本案例设计DAP-2H电离的热力学循环，辅助高精度完备基(Complete Basis Set, CBS)方法CBS-QB3计算了DAP-2H分子的酸碱性pKa。计算结果符合实验预期，这得益于我们选用了更昂贵的高精度热力学计算方法。

图1 2,3-二氨基吩嗪(DAP) 和DAP2H优化后的结构以及的氧化还原反应

DAP-2H的pKa计算

在如表1所示的计算级别下，分别计算各个分子/离子的吉布斯自由能。根据图2 所述热力学循环,计算DAP-2H的酸碱性pKa。

表1 DAP-2H的pKa计算泛函/基组/溶剂模型

分子/离子种类	泛函/基组	溶剂模型
DAP-2H(gas)	CBS-QB3
DAP-H-(gas)	CBS-QB3
DAP-2H(gas)	M052X/6-31G*
DAP-H-(gas)	M052X/6-31G*
DAP-2H(sol)	M052X/6-31G*	SMD(隐式溶剂)
DAP-H-(sol)	M052X/6-31G*	SMD(隐式溶剂)

图2 pKa计算的热力学循环

DAP-2H的pKa计算分析

根据图所述热力学循环[54],可得pKa的计算公式如下：

ΔGsolno=ΔGgaso+ΔGsolv(H+)+ΔGsolv(A-)-ΔGsolv(HA)	(1)
pKa=ΔG*soln/RTln(10)	(2)
ΔG*soln=ΔGsolno+1.89Δn	(3)

此计算方法计算pKa时，Ggas(H+)与ΔGsolv(H+)采用了实验值，由下面公式(4)直接计算pKa:

pKa=[Ggas(A-)-Ggas(HA)+ΔGsolv(A-)-ΔGsolv(HA)-269.0]/1.3644 (4)

Ka(5,10-Dihydrophenazine-2,3-diamine)
Ggas(DAP-2H)	-682.376788	Haretee
Ggas(DAP-H-)	-681.814079	Haretee
Gsolv(DAP-2H)	-0.026523949	Kcal/mol
Gsolv(DAP-H-)	-0.106513784	Kcal/mol
Ggas(H+)	-6.28	Kcal/mol
Gsolv(H+)	-264.61	Kcal/mol
ΔG*soln	32.62	Kcal/mol
pKa	23.91

表2 DAP-2H的pKa

如表 2 所示，计算得到DAP-2H的pKa为23.91，远大于水的pKa(15.6),证明在水性溶剂环境下，DAP与水分子反应得到DAP-2H分子而稳定存在。